Khóa luận Giải pháp sắp xếp chuỗi gen sử dụng cây hậu tố

Khóa luận của tôi đề cập về vấn đề sắp xếp chuỗi gen sử dụng cây hậu tố nhằm tối ưu tốc độ sắp xếp mà vẫn giữ được kết quả sắp xếp so với phương pháp sử dụng quy hoạch động. Nội dung khóa luận được phân ra làm 5 phần chính. Trong Phần đầu tiên tôi sẽ trình bày tổng quan về Tin sinh học và các khái niệm chủ đạo của nó như DNA, RNA, protein. Phần thứ hai tập trung vào một số phương pháp sắp xếp chuối gen như phương pháp biểu đồ điểm và phương pháp sắp xếp loại I, đặc biệt đi sâu tìm hiểu thuật toán sắp xếp loại I, đây là một thuật toán quy hoạch động chuẩn sẽ được sử dụng để so sánh kết quả sắp xếp với phương pháp sử dụng cây hậu tố sẽ được trình bày ở phần thứ ba. Phần ba là phần giải quyết vấn đề sắp xếp chuỗi sinh học bằng cách tìm ra các Maximal Unique Match (MUM) sử dụng các phương pháp Brute-force, k-mers và phương pháp sử dụng cây hậu tố. Phần thứ tư tôi sẽ đưa ra đánh giá về các kết quả thực nghiệm khi sử dụng phương pháp quy hoạch động và phương pháp sắp xếp sử dụng cây hậu tố. Phần cuối cùng đưa ra kết luận và định hướng phát triển trong tương lai của khóa luận.

doc51 trang | Chia sẻ: tuandn | Lượt xem: 2162 | Lượt tải: 4download
Bạn đang xem trước 20 trang tài liệu Khóa luận Giải pháp sắp xếp chuỗi gen sử dụng cây hậu tố, để xem tài liệu hoàn chỉnh bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
Luận văn liên quan