Nhiều kết quả nghiên cứu đã chỉ ra, có nhiều đoạn DNA đặc trưng được sử dụng làm DNA mã vạch, các đoạn DNA mã vạch có thể là những đoạn DNA nằm ở trong nhân (nuclear DNA - nDNA), như: 18S, 5,6S, 26S, 5S spacer và vùng ITS; nằm ở ty thể (Mitochondrial DNA - mtDNA), như: Cytb và vùng kiểm soát (control region); nằm ở lục lạp (Chloroplast DNA - cpDNA), như: matK, rcbL, atpβ, ndnF (Gwendolyn và cộng sự, 2008). Mỗi đoạn mã vạch DNA có những đặc trưng riêng và có khả năng phân biệt sinh vật ở các mức độ khác nhau. (Gwendolyn và cộng sự, 2008). Tuy nhiên, các nhà khoa học cũng đã khuyến cáo, chưa có đoạn DNA nào được sử dụng làm mã vạch chung cho tất cả các loài sinh vật. Vì vậy, việc lựa chọn những đoạn DNA (gen) đặc trưng để làm mã vạch và việc phối hợp giữa các đoạn mã vạch DNA là rất cần thiết và đem lại hiệu quả cao (Hà Văn Huân và cộng sự, 2015).
Ở động vật, vật liệu di truyền có trong nhân và một số ít trong ty thể. Ti thể được xem như trung tâm cung cấp năng lượng của tế bào. Do ty thể nằm trong tế bào chất của giao tử cái (trứng) vì thế các gene trên DNA ty thể (mtDNA) tuân theo quy luật di truyền theo tế bào chất (Birky và cộng sự, 1989). MtDNA ít bị tác động của môi trường nên ít bị biến dị di truyền. Dựa vào những đặc điểm nêu trên, mtDNA được ứng dụng rộng rãi trong các kỹ thuật sinh học phân tử. Đặc biệt là vùng mã hóa các phân tử ribosomal RNA (16S rRNA và 12S rRNA) rất được quan tâm ứng dụng phục vụ trong công tác nghiên cứu sự phát sinh loài và định danh loài do chúng có tính bảo tồn cao và kích thước vừa phải thuận lợi cho việc phân lập, giải trình tự và phân tích trình tự vật liệu di truyền (Nguyễn Kiều Dợi, 2007).
157 trang |
Chia sẻ: Tuệ An 21 | Ngày: 08/11/2024 | Lượt xem: 68 | Lượt tải: 0
Bạn đang xem trước 20 trang tài liệu Luận án Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học còng sesarmidae trong rừng ngập mặn Cần Giờ, Thành phố Hồ Chí Minh, để xem tài liệu hoàn chỉnh bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP.HCM
NGUYỄN TUẤN ANH
NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC
CÒNG SESARMIDAE TRONG RỪNG NGẬP MẶN
CẦN GIỜ, THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
Chuyên ngành : Công nghệ sinh học
Mã số : 9.42.02.01
LUẬN ÁN TIẾN SỸ NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HOC
TP. Hồ Chí Minh – Năm 2024
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO
TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM
NGUYỄN TUẤN ANH
NGHIÊN CỨU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM SINH HỌC
CÒNG SESARMIDAE TRONG RỪNG NGẬP MẶN
CẦN GIỜ, THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH
Chuyên ngành : Công nghệ sinh học
Mã số : 9.42.02.01
LUẬN ÁN TIẾN SỸ NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HOC
Người hướng dẫn khoa học 1: PGS. TS. Nguyễn Phú Hòa
Người hướng dẫn khoa học 2: PGS. TS. Vũ Cẩm Lương
TP. Hồ Chí Minh – Năm 2024
i
LỜI CAM ĐOAN
Tôi cam đoan đây là công trình nghiên cứu của tôi.
Các số liệu, kết quả nêu trong luận án là trung thực và chưa từng
được ai công bố trong bất kỳ công trình nào khác.
TÁC GIẢ LUẬN ÁN
Nguyễn Tuấn Anh
ii
CẢM TẠ
Tôi xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành và sâu sắc đến PGS. TS. Nguyễn Phú
Hòa, PGS. TS. Vũ Cẩm Lương và PGS.TS. Nguyễn Vũ Phong các thầy, cô đã tận
tình hướng dẫn và giúp đỡ tôi trong suốt quá trình học tập, thực hiện và hoàn thành
luận án.
Tôi chân thành cảm ơn Ban Giám hiệu, Khoa Khoa học Sinh học và Phòng Sau
Đại học - Trường Đại học Nông Lâm Thành Phố Hồ Chí Minh đã tạo điều kiện cho
tôi tham gia khóa đào tạo.
Chân thành cảm ơn Đảng ủy, Ban Giám đốc Chi nhánh Phía Nam đã giúp đỡ và
tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình thực học tập và thực hiện luận án.
Chân thành cảm ơn Ban Lãnh đạo và tập thể Ban Quản lý rừng phòng hộ Cần
Giờ đã tạo điều kiện hỗ trợ, giúp đỡ tôi trong suốt quá trinh thực hiện luận án.
Chân thành cảm ơn tập thể Khoa Khoa học Sinh học, Các bạn học viên cao học
và sinh viên phòng thí nghiệm Sinh học phân tử, khoa Khoa học sinh học đã tận tình
giúp đỡ và tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong quá trình thực hiện luận án.
Xin chân thành cảm ơn.
TÁC GIẢ LUẬN ÁN
iii
TÓM TẮT
Đề tài “Nghiên cứu một số đặc điểm sinh học còng Sesarmidae trong rừng
ngập mặn Cần Giờ, TP. HCM” được thực hiện từ năm 2018 đến năm 2023 nhằm
nghiên cứu một số đặc điểm sinh học, phân bố và tập tính tiêu thụ lá rụng của còng
thuộc họ Sesarmidae trong các sinh cảnh đặc trưng của rừng ngập mặn (RNM) Cần
Giờ, TP. HCM để quản lý, phát triển bền vững sinh cảnh RNM Cần Giờ. Mẫu còng
được thu ở RNM Cần Giờ với số tiểu khu khảo sát là 13/24 tiểu khu. Các loài còng
thuộc họ Sesarmidae được định danh dựa vào hình thái bên ngoài và kỹ thuật sinh
học phân tử. Nghiên cứu xác định sự phân bố và mật độ còng trong các sinh cảnh;
xác định sự tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) trên các
điều kiện khác nhau của lá Rhizophora apiculata (lá màu vàng, lá màu nâu đỏ và lá
màu nâu đen) trong 72 giờ thí nghiệm, bao gồm 02 thí nghiệm: thí nghiệm 1 nhằm
đánh giá, so sánh tốc độ tiêu thụ lá theo kích thước của còng khi không có sự lựa chọn
màu lá; Thí nghiệm 2 đánh giá tốc độ tiêu thụ lá của còng khi có sự lựa chọn với 3
màu lá. Căn cứ kết quả nghiên cứu thu được, tiến hành xây dựng bộ tiêu chí về sinh
cảnh đặc trưng của còng ở RNM Cần Giờ.
Kết quả khảo sát tổng số mẫu còng thu thập được ở RNM Cần Giờ gồm 2.222
mẫu trong đó 2.157 mẫu thuộc họ Sesarmidae. Kết quả định danh dựa trên các đặc
điểm hình thái ngoài và giải trình tự DNA với những loài chưa mô tả được rõ ràng
qua đặc điểm hình thái, đã xác định được 12 loài. Trong đó, loài Parasesarma sp.
gồm 05 mẫu ký hiệu: M1.1, M1.2, M2.1, M2.2 và M3.2 chưa xác định được loài
chính xác theo hình thái ngoài. Các mẫu này được giải trình tự DNA 16S rRNA trong
ty thể với Primer 1471 và 1472 và COI. Kết quả xác định 03 mẫu M1.1, M1.2 và
M2.2 là loài Parasesarma lanchesteri (Tweedie, 1936) và 02 mẫu M2.1 và M3.2 là
loài Perisesarma eumolpe (De Haan, 1895) thông qua giải trình tự DNA.
Căn cứ theo mức ngập của thủy triều và thảm thực vật bao phủ phù hợp cho
còng sinh sống, đã phân chia RNM Cần Giờ thành ba sinh cảnh (SC1, SC2 và SC3).
Tần số bắt gặp các loài còng trong họ Sesarmidae tại RNM Cần Giờ đạt 93,3% tổng
iv
số ô quan sát (70/75 ô quan sát). Tại những vị trí có tán cây rừng che phủ thì tần số
bắt gặp các loài còng trong họ Sesarmidae là 100% tổng số ô quan sát, không có tán
cây che phủ thì không bắt gặp các loài trong họ này. Các loài còng trong họ
Sesarmidae phân bố mật độ tương đối cao ở SC2 và SC3 lần lượt là 7,6 và 7,3 cá
thể/m2. Ở SC1 có cây rừng là 2,3 cá thể/m2 thấp hơn đáng kể so với hai sinh cảnh còn
lại. Trong đó, 03 loài Perisesarma eumolpe (De Man, 1895), Perisesarma semperi
(Bürger, 1893) và Parasesarma bidens (De Haan, 1835) có sự phân bố rộng ở cả 03
sinh cảnh; một số loài phân bố khá tập trung như Episesarma mederi (H. Milne
Edwards, 1853), Parasesarma plicatum (Latreille, 1803). Ở SC1, SC2 loài còng ưu
thế là Perisesarma eumolpe (De Man, 1895) và Parasesarma bidens (De Haan,
1835); SC3 loài còng ưu thế là Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) và
Perisesarma semperi (Bürger, 1893).
Chỉ số đa dạng (H’) ở cả 3 SC đều có mức độ đa dạng sinh học thấp, lần lượt
là 1,39; 1,48 và 1,49. Chỉ số đồng đều (J’) ở SC1 cao nhất 0,86 và thấp nhất là SC2
0,62. Tính đa dạng (Dv) ở 3 SC đều ở mức trung bình (0,6< Dv<1,5). Chỉ số tương
đồng (S) giữa SC1 - SC2 và SC1 - SC3 có thành phần loài tương đồng, riêng SC2 -
SC3 có thành phần loài rất tương đồng với giá trị là 0,74.
Kết quả thí nghiệm tiêu thụ lá cho thấy, còng Parasesarma plicatum (Latreille,
1803) tiêu thụ lá nâu đen cao nhất, tiếp đến là lá nâu đỏ và sai khác có ý nghĩa thống
kê so với các nghiệm thức còn lại ở cả hai thí nghiệm. Điều này chứng tỏ còng
Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) ưa thích nhất là lá nâu đen, chỉ tiêu thụ lá
vàng khi không có lá nâu đen và nâu đỏ như trong thí nghiệm 1.
v
ABSTRACT
The “Research on some biological characteristics of Sesarmidae crabs in Can
Gio mangrove forest, Ho Chi Minh City” was conducted from 2018 to 2023 to inves-
tigate some biological characteristics, distribution, and leaf consumption habits of
Sesarmidae crabs in the typical habitats of Can Gio mangrove forest (MF), Ho Chi
Minh City. This research aims to contribute to the management and sustainable de-
velopment of Can Gio MF ecosystem. Crab samples were collected from Can Gio
MF in 13 out of 24 surveyed sub-compartments. Sesarmidae crabs were identified
based on their external morphology and molecular biological techniques. The re-
search determined the distribution and density of crabs in different habitats; identified
the leaf consumption of Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) on different condi-
tions of Rhizophora apiculata leaves (yellow, reddish brown, and dark brown leaves)
in a 72-hour experiment, including 2 experiments: Experiment 1 evaluated and com-
pared the leaf consumption rate according to the crab size in the absence of leaf color
choice; Experiment 2 evaluated the leaf consumption rate on the availability of 3 leaf
color choices.
A total of 2.222 crab samples were collected from Can Gio MF, out of which
2.157 belonged to the Sesarmidae family. Based on morphological features and DNA
sequencing for species not clearly identifiable by morphology, 12 species were iden-
tified. Among these, five samples (M1.1, M1.2, M2.1, M2.2, and M3.2) of the Para-
sesarma sp. species could not be precisely identified as a specific species based on
morphology. These samples were subjected to 16S rRNA mitochondrial DNA se-
quencing using Primers 1471 and 1472 and COI. The results identified samples M1.1,
M1.2, and M2.2 as Parasesarma lanchesteri (Tweedie, 1936) and samples M2.1 and
M3.2 as Perisesarma eumolpe (De Haan, 1895) based on DNA sequencing.
Based on the inundation level of the tides and suitability of the vegetation
cover for crab habitation, Can Gio MF was divided into three habitats (SC1, SC2, and
SC3). The frequency of occurrence of crab species in the Sesarmidae family in Can
vi
Gio MF observation quadrats reached 93.3% of the total observation quadrats (70/75
quadrats). At locations with forest canopy cover, the frequency of occurrence of
Sesarmidae crabs was 100% of the total observation quadrats, and without canopy
cover, no crabs in this family were encountered. Sesarmidae crabs were distributed
at a relatively high density in SC2 and SC3, with 7.6 and 7.3 individuals/m2,
respectively. In SC1 with forest cover, there were 2.3 individuals/m2, which was
significantly lower than in the other two habitats. Among these, three species,
Perisesarma eumolpe (De Man, 1895), Perisesarma semperi (Bürger, 1893), and
Parasesarma bidens (De Haan, 1835), were widely distributed in all three habitats;
some species were distributed quite condensely, such as Episesarma mederi (H.
Milne Edwards, 1853) and Parasesarma plicatum (Latreille, 1803). In SC1 and SC2,
the dominant crab species were Perisesarma eumolpe (De Man, 1895) and
Parasesarma bidens (De Haan, 1835); in SC3, the dominant crab species were
Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) and Perisesarma semperi (Bürger, 1893).
The diversity index (H') in all three SCs showed low biodiversity levels, with
values of 1.39, 1.48, and 1.49, respectively. The evenness index (J') was highest in
SC1 (0.86) and lowest in SC2 (0.62). The species diversity (Dv) was moderate (0.6
< Dv < 1.5) in all three SCs. The similarity index (S) indicated that SC1 and SC2
shared a similar species composition, while SC2 and SC3 had a very similar species
composition with a value of 0.74.
The leaf litter consumption experiment results showed that the crab
Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) consumed the highest amount of dark brown
leaves, followed by reddish brown leaves. There was a statistically significant
difference in leaf consumption compared to the other treatments in both experiments.
This suggests that the crab Parasesarma plicatum (Latreille, 1803) strongly prefers
dark brown leaves and only consumes yellow leaves when dark brown and reddish
brown leaves are not available, as in Experiment 1.
vii
MỤC LỤC
LỜI CAM ĐOAN i
CẢM TẠ ii
TÓM TẮT iii
ABSTRACT v
MỤC LỤC vii
DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT xi
DANH SÁCH CÁC HÌNH xii
DANH SÁCH CÁC BẢNG xiv
MỞ ĐẦU 1
Chương 1 TỔNG QUAN 5
1.1. Tổng quan về đặc điểm sinh học của còng họ Sesarmidae 5
1.1.1. Phân loại 5
1.1.2. Một số đặc điểm sinh học của còng 5
1.1.2.1. Tên gọi 5
1.1.2.2. Hình thái và tiến hóa 6
1.1.2.3. Phân biệt giới tính 6
1.1.2.4. Tập tính di chuyển và thức ăn 6
1.1.2.5. Đặc điểm sinh sản và vòng đời 7
1.2. Mối liên hệ của các loài còng với hệ sinh thái rừng ngập mặn 8
1.2.1. Hệ sinh thái cửa sông và rừng ngập mặn 8
1.2.2. Tầm quan trọng của hệ sinh thái rừng ngập mặn 9
1.2.3. Những nỗ lực bảo tồn hệ sinh thái rừng ngập mặn 10
1.2.4. Giới thiệu về rừng ngập mặn Cần Giờ, TP. HCM 10
1.2.5. Đa dạng thành phần loài còng rừng ngập mặn 11
1.2.6. Sự phân bố của các loài còng trong rừng ngập mặn 13
1.2.7. Vai trò của còng đối với rừng ngập mặn 14
1.2.7.1. Kĩ sư hệ sinh thái 14
viii
1.2.7.2. Năng suất vật rụng, phân hủy lá rụng trong rừng ngập mặn 14
1.2.7.3. Thu gom và loại bỏ vật chất rơi rụng 15
1.2.7.4. Hỗ trợ các hệ sinh thái lân cận 17
1.3. Các phương pháp nghiên cứu sinh học phân tử trong phân loại còng 18
1.3.1. Ứng dụng marker phân tử DNA Barcode trong định danh 18
1.3.2. Phương pháp giải trình tự 20
Chương 2 NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 23
2.1. Phạm vi nghiên cứu 23
2.2. Nội dung nghiên cứu 23
2.3. Phương pháp nghiên cứu 25
2.3.1. Khu vực thu mẫu 25
2.3.2. Nội dung 1: Xác định thành phần loài còng thuộc họ Sesarmidae ở rừng
ngập mặn Cần Giờ 26
2.3.2.1. Xác định đa dạng thành phần loài còng rừng ngập mặn Cần Giờ qua các
đặc điểm hình thái bên ngoài 26
2.3.2.2. Định danh còng dựa vào giải trình tự 16S rRNA và COI DNA ty thể,
28S-rRNA nhân đối với các loài còng chưa phân biệt được rõ ràng bằng
các đặc điểm hình thái 29
2.3.3. Nội dung 2: Xác định sự phân bố và mật độ còng trong các sinh cảnh của
rừng ngập mặn Cần Giờ 32
2.3.4. Nội dung 3: Khảo sát tốc độ tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum
(Latreille, 1803) trong các sinh cảnh của rừng ngập mặn Cần Giờ 35
2.3.4.1. Xác định độ ẩm có trong lá 35
2.3.4.2. Thí nghiệm 1: Sự tiêu thụ riêng từng loại lá rụng của còng Parasesarma
plicatum 36
2.3.4.3. Thí nghiệm 2: Sự tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum đối với
tổng hợp 03 loại lá 38
2.3.5. Nội dung 4: Xây dựng bộ tiêu chí về sinh cảnh còng trong rừng ngập mặn
Cần Giờ. 38
ix
2.4. Phương pháp phân tích và xử lý số liệu 39
Chương 3 KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 40
3.1. Nội dung 1: Xác định thành phần loài còng thuộc họ Sesarmidae ở rừng ngập
mặn Cần Giờ 40
3.1.1. Kết quả định danh một số loài còng họ Sesarmidae rừng ngập mặn Cần Giờ
dựa vào hình thái bên ngoài 40
3.1.2. Định danh loài dựa vào trình tự 16S rRNA, COI và 28S rRNA đối với
các mẫu còng chưa phân biệt được rõ ràng bằng các đặc điểm hình thái 52
3.1.2.1. Kết quả giải trình tự và so dòng vùng 16S-rRNA của các mẫu còng 52
3.1.2.2. Kết quả giải trình tự và so dòng vùng COI của các mẫu còng 54
3.1.2.3. Kết quả giải trình tự và so dòng vùng 28S-rRNA của các mẫu 56
3.1.3. Xác định đa dạng thành phần loài còng ở rừng ngập mặn Cần Giờ 60
3.2. Nội dung 2: Xác định sự phân bố và mật độ còng trong các sinh cảnh của
rừng ngập mặn Cần Giờ 64
3.2.1. Sinh cảnh đặc trưng ở rừng ngập mặn Cần Giờ 64
3.2.1.1. Một số yếu tố môi trường cơ bản theo sinh cảnh 64
3.2.1.2. Thành phần thực vật theo sinh cảnh 65
3.2.2. Sự phân bố và mật độ còng trong các sinh cảnh của rừng ngập mặn Cần
Giờ 65
3.2.2.1. Tần số xuất hiện và mật độ các loài còng họ Sesarmidae trong ô thí
nghiệm 65
3.2.2.2. Thành phần loài còng họ Sesarmidae trong các sinh cảnh 70
3.3. Nội dung 3: Khảo sát tốc độ tiêu thụ lá rụng của còng trong rừng ngập mặn
Cần Giờ 76
3.3.1. Xác định độ ẩm trong lá 76
3.3.2. Tốc độ tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum 77
3.3.2.1. Tốc độ tiêu thụ từng loại lá riêng lẻ của còng Parasesarma plicatum 77
3.3.2.2. Tốc độ tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum đối với hỗn hợp
03 loại lá 80
x
3.4. Nội dung 4: Xây dựng bộ tiêu chí về sinh cảnh còng trong rừng ngập mặn
Cần Giờ 84
KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 94
DANH MỤC CÔNG TRÌNH CỦA TÁC GIẢ 96
TÀI LIỆU THAM KHẢO 97
PHỤ LỤC 105
xi
DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT
Barcoding Mã vạch
DNA Deoxyribo Nucleic Axit (Phân tử acid nucleic)
ĐH Địa hình
M Mẫu
mtDNA Mitochondrial DNA (DNA nằm trong ty thể)
NT Nghiệm thức.
HST Hệ sinh thái.
SC Sinh cảnh
SL Số lượng
TP. HCM Thành phố Hồ Chí Minh.
PAUP Phylogenetic Analysis Using PAUP (chương trình phát sinh loài
trên máy tính)
PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng khuyếch đại gene)
RNA Ribonucleic acid (Phân tử acid nucleic)
RNM Rừng ngập mặn.
UNESCO United Nations Educational Scientific and Cultural Organiza-
tion (Tổ chức Giáo dục, Khoa học và Văn hóa của Liên Hợp
Quốc)
xii
DANH SÁCH CÁC HÌNH
HÌNH TRANG
Hình 1.1. Nắp bụng của con còng đực (A) và cái (B). 6
Hình 1.2. Vòng đời của còng (Josileen, 2015) 8
Hình 2.1. Bản đồ sinh cảnh theo độ cao địa hình. 26
Hình 2.2. Vị trí các tiểu khu thu mẫu. 26
Hình 2.3. Hình thái ngoài nhìn từ trên của còng 27
Hình 2.4. Hình thái ngoài nhìn từ dưới của còng 28
Hình 2.5. Ô thu mẫu. 33
Hình 2.6. Ba loại lá dùng trong thí nghiệm. 37
Hình 3.1. Hình thái ngoài của còng Parasesarma plicatum (Latreille, 1803). 40
Hình 3.2. Hình thái ngoài của còng Perisesarma semperi (Bürger, 1893). 41
Hình 3.3. Hình thái ngoài của còng Perisesarma eumolpe (De Haan, 1895). 41
Hình 3.4. Hình thái ngoài của còng Perisesarma bidens (De Haan, 1835). 42
Hình 3.5. Hình thái ngoài của còng Episesarma singaporense (Tweedie, 1936). 42
Hình 3.6. Hình thái ngoài của còng Episesarma versicolor (Tweedie, 1940). 43
Hình 3.7. Hình thái ngoài còng Neosarmatium bidentatum (Rahayu and Davie,
2006). 43
Hình 3.8. Hình thái ngoài của còng Neosesarma gemmiferum (Tweedie, 1936). 44
Hình 3.9. Hình thái ngoài của còng Clistocoeloma merguiense (De Man, 1888). 44
Hình 3.10. Hình thái ngoài của còng Sarmatium germaini (Milne-Edwards,
1869). 45
Hình 3.11. Hình thái ngoài của còng Episesarma mederi (Milne Edwards, 1853). 45
Hình 3.12. Hình thái ngoài của các mẫu còng Parasesarma sp. 46
Hình 3.13. Kết quả điện di sản phẩm PCR vùng gen 16S-rRNA các mẫu còng. 52
xiii
Hình 3.14. Cây phát sinh loài từ vùng 16S-rRNA xây dựng theo phương pháp
Maximum Likelihood (ML), bootstrap 1.000 lần với giá trị > 60% được
thể hiện ở các nodes. 53
Hình 3.15. Kết quả điện di sản phẩm PCR vùng gen COI các mẫu còng. 55
Hình 3.16. Cây phát sinh loài dựa vào vùng COI xây dựng theo phương pháp
Maximum Likelihood (ML) của các loài Parasesarma, Perisesarma,
bootstrap 1.000 lần với giá trị > 60% được thể hiện ở các nodes. 56
Hình 3.17. Kết quả điện di sản phẩm PCR vùng gen 28S-rRNA các mẫu còng. 57
Hình 3.18. Cây phát sinh loài dựa vào vùng 28S-rRNA xây dựng theo phương
pháp Maximum Likelihood (ML) của các loài Parasesarma, Perisesarma,
bootstrap 1.000 lần với giá trị > 60% được thể hiện ở các nodes. 58
Hình 3.19. Sự tiêu thụ lá rụng (theo trọng lượng khô DW) của 01 g còng
Parasesarma plicatum ở các mốc thời gian thí nghiệm. 79
Hình 3.20. Sự tiêu thụ lá rụng của còng Parasesarma plicatum theo trọng lượng
khô của lá trong từng khoảng thời gian thí nghiệm. 82
xiv
DANH SÁCH CÁC BẢNG
BẢNG TRANG
Bảng 1.1. Sự đa dạng các loài còng Grapsidae và Sesarmidae trong rừng ngập
mặn. 12
Bảng 2.1. Các tiểu khu khảo sát thu mẫu 25
Bảng 2.2. Thông tin mẫu xác định trình tự các gen 16S rRNA, COI mtDNA và
28S-rRNA 29
Bảng 2.3. Thông tin primers (Crandall và Fitzpatrick, 1996). 30
Bảng 2.4. Thành phần phản ứng PCR. 30
Bảng 2.5. Phân vùng khảo sát thu mẫu. 33
Bảng 2.6. Mức độ đa dạng sinh học của H’. 34
Bảng 2.7. Mức đánh giá tính đa dạng của Dv. 35
Bảng 2.8. Mức độ tương đồng của S. 35
Bảng 2.9. Sơ đồ bố trí thí nghiệm 1. 37
Bảng 2.10. Bộ tiêu chí về sinh cảnh đặc trưng của còng rừng ngập mặn Cần Giờ. 39
Bảng 3.1. Một số đặc điểm hình thái ngoài quan trọng của các loài thuộc họ
Sesarmidae thu thập được ở rừng ngập mặn Cần Giờ. 49
Bảng 3.2. Kết quả so dòng trình tự 16S-rRNA của 5 mẫu còng với các trình tự
sẵn có từ NCBI. 53
Bảng 3.3. Kết quả so dòng trình tự COI của 5 mẫu còng với các trình tự sẵn có
từ NCBI. 55
Bảng 3.4. Kết quả so dòng trình tự 28S-rRNA của 5 mẫu còng với các trình tự
sẵn có từ NCBI. 57
Bảng 3.5. Thành phần loài còng rừng ngập mặn Cần Giờ theo địa hình. 60
Bảng 3.6. Thành phần loài còng rừng ngập mặn Cần Giờ theo tiểu khu. 62
Bảng 3.7. Các thông số môi trường tại khu vực khảo sát. 64
xv
Bảng 3.8. Số lượng miệng hang và số lượng còng theo các sinh cảnh và tiểu khu
khảo sát. 66
Bảng 3.9. Số lượng miệng hang và số lượng còng ở các sinh cảnh. 67
Bảng 3.10. Thành phần loài và số lượng còng họ Sesarmidae khảo sát được ở
SC1. 70
Bảng 3.11. Thành phần loài và số lượng còng họ Sesarmidae khảo sát được ở
SC2. 71
Bảng 3.12. Thành phần loài và số lượng còng họ Sesarmidae khảo sát được ở
SC3. 72
Bảng 3.13. Các chỉ số đa dạng sinh học của còng họ Sesarmidae ở các sinh cảnh. 73
Bảng 3.14. Kết quả xác định độ ẩm trong lá đước đôi (Rhizophora apiculata). 77
Bảng 3.15. Tốc độ tiêu thụ từng loại lá riêng lẻ của Parasesarma plicatum. 78
Bảng 3.16. Sự tiêu thụ lá rụng của 01 còng Parasesarma plicatum đối với 03 loại
lá (tính theo trọng lượng khô của lá). 80
Bảng 3.17. Trọng lượng hao hụt của lá vàng tính theo trọng lượng khô của lá 72
giờ thí nghiệm. 81
Bảng 3.18. Thành phần loài, tần số bắt gặp, mật độ còng họ Sesarmidae theo loại
rừng ngập mặn Cần Giờ. 8