Luận văn Tìm hiểu vi sinh vật ứng dụng trong công nghệ lên men đậu nành truyền thống

Từ cổ xưa, mặc dầu chưa nhận thức được sự tồn tại của vi sinh vật, nhưng loài người đã biết khá nhiều về các tác dụng do vi sinh vật gây nên. Trong sản xuất và trong đời sống, con người đã tích lũy được nhiều kinh nghiệm về các biện pháp lợi dụng các vi sinh vật có ích và phòng tránh các vi sinh vật có hại. Trên những vật giử lại từ thời cổ Hy Lạp, người ta đã thấy minh họa cả quá trình nấu rượu. Những tài liệu khảo cổ chu biết cách đây trên 6000 năm, người dân Ai Cập ở dọc sông Nile đã có tập quán nấu rượu. Ở Trung Quốc rượu đã được sản xuất từ thời đại văn hóa Long Sơn (cách đây trên 4000 năm ) . Việc lên men lactic (muối dưa ) được thực hiện từ những năm 3500 năm trước công nguyên. Muối dưa , làm dấm, làm tương v.v. đều là những biện pháp hữu hiệu để hoặc sử dụng hoặc khống chế vi sinh vật phục vụ cho việc chế biến và bảo quản thực phẩm. Việc sáng tạo ra các hình thức ủ phân, ngâm phân, ngâm gai, xếp ải, trồng luân canh với cây họ đậu. đều là những biện pháp tài tình mà tổ tiên ta từ lâu đã biết phát huy tác dụng của vi sinh vật trong nông nghiệp. Người có công phát hiện ra thế giới vi sinh vật và cũng là người đầu tiên miêu tả hình thái nhiều loại vi sinh vật là một người Hà Lan, vốn là một người học nghề trong một hiệu buôn vải. Đó là Antonie van Leeuwenhoek (1632 – 1723). Ông đã tự chế ra trên 400 kính hiển vi, trong đó có cái phóng đại được đến 270 lần. Năm 1670 ông nhìn thấy các vi khuẩn và động vật nguyên sinh ông gọi là các “động vật vô cùng nhỏ bé”. Qua đó ông đã miêu tả hình thái và dạng chuyển động của nhiều loại vi sinh vật. Nhiều bài báo của ông đã được công bố trên tạp chí Triết học của học hội hoàng gia Anh và năm 1680 ông được bầu làm thành viên của học hội này Từ thập kỉ 60 của thế kỉ 19 bắt đầu thời kì nghiên cứu về sinh lí học của các vi sinh vật. Người có công lớn trong việc này, người về sau được coi là ông tổ của vi sinh vật học là nhà khoa học người Pháp Louis Pasteur (1822 – 1895). Khó mà tóm tắt được khối lượng các phát hiện đồ sộ mà Luis Pasteur đã cống hiến cho nhân loại.

doc112 trang | Chia sẻ: tuandn | Lượt xem: 4746 | Lượt tải: 24download
Bạn đang xem trước 20 trang tài liệu Luận văn Tìm hiểu vi sinh vật ứng dụng trong công nghệ lên men đậu nành truyền thống, để xem tài liệu hoàn chỉnh bạn click vào nút DOWNLOAD ở trên
LỜI CẢM ƠN Em có được kiến thức và sự trưởng thành như ngày hôm nay là nhờ công lao rất lớn của các thầy cô Khoa Công nghệ Hoá học, nhất là các thầy cô thuộc Bộ môn Công nghệ Thực phẩm, Trường Đại học Bách Khoa Tp. HCM. Do vậy, lời đầu tiên em xin bày tỏ lòng biết ơn chân thành đến quý thầy cô – những người đã hết lòng dìu dắt em trên con đường học vấn. Đặc biệt, em xin tỏ sự ghi ơn sâu sắc đến cô Lưu Thị Ngọc Anh, cô đã tận tình hướng dẫn, quan tâm chỉ dạy để em hoàn thành luận văn này. Con xin cảm ơn ba mẹ và gia đình đã luôn là chỗ dựa vững chắc cho con, động viên, khuyến khích và tạo mọi điều kiện cho con học tập tốt. MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN i MỤC LỤC ii MỤC LỤC BẢNG v MỤC LỤC HÌNH vi Chương 1: TỔNG QUAN VỀ VI SINH VẬT NÓI CHUNG 1 1.1 Sơ lược lịch sử phát triển của vi sinh vật học 1 1.2 Vị trí của vi sinh vật trong sinh giới 3 1.2-Các đặc điểm chung của vi sinh vật  8 1.3 Hình thái và cấu tạo tế bào vi sinh vật 12 1.3.1 Vi khuẩn 12 1.3.2 Nấm men 15 1.3.3 Nấm mốc 16 1.4 Vai trò của vi sinh vật 18 Chương 2: TỔNG QUAN VỀ VI SINH VẬT TRONG QUÁ TRÌNH LÊN MEN 20 2.1 Khái niêm chung: 20 2.2 Bản chất của các quá trình lên men 20 2.3 Cơ chế điều hòa phản ứng hóa học trong các quá trình lên men 21 2.4 Các chu trình lên men 25 2.4.1 Sơ đồ Embden – Meyerhof – Parnas 25 2.4.2 Chu trình pentozaphosphate 27 2.4.3 Chu trình tricacboxylic (Krebs): 27 2.5 Điều kiện quá trình lên men 29 2.5.1 Các cấu tử của môi trường lên men 29 2.5.2 Các tác nhân bên ngoài 30 2.5.3 Tác nhân gây lên men - vi sinh vật 30 Chương 3: GIỚI THIỆU MỘT SỐ SẢN PHẨM LÊN MEN TRUYỀN THỐNG 31 3.1 Đặc điểm chung của thực phẩm lên men truyền thống 31 3.2 Thực phẩm lên men bởi nấm mốc 31 3.2.1 Vai trò của nấm mốc trong lên men thực phẩm 31 3.2.2 Một số thực phẩm lên men bởi nấm mốc 32 3.3 Thực phẩm lên men bởi vi khuẩn 32 3.3.1 Vai trò của vi khuẩn trong lên men thực phẩm 32 3.3.2 Một số thực phẩm lên men bởi vi khuẩn 33 3.4 Thực phẩm lên men bởi nấm men 34 3.4.1 Vai trò của nấm men 34 3.4.2 Một số sản phẩm lên men bởi nấm men 34 3.5 Thực phẩm lên men bởi nấm mốc và nấm men 34 3.6 Thực phẩm lên men bởi vi khuẩn và nấm men 34 3.6.1 Rượu vang 34 3.6.2 Nước chiết thực vật lên men 35 3.7 Thực phẩm lên men nhờ nấm mốc và vi khuẩn 35 3.8 Các sản phẩm lên men từ đậu nành và các hạt ngũ cốc 35 3.8.1 Khái quát chung về đậu nành 35 3.8.2 Các sản phẩm chế biến từ đậu nành 40 Chương 4: ĐẶC ĐIỂM CHUNG CỦA VI SINH VẬT DÙNG TRONG LÊN MEN ĐẬU NÀNH 42 4.1 Vi sinh vật thường có trong lên men đậu nành 42 4.2 Vi sinh vật trong sản xuất tương 42 4.3 Vi sinh vật trong sản xuất nước chấm 43 4.4 Vi sinh vật trong sản xuất chao 45 Chương 5: CÔNG NGHỆ TẠO GIỐNG VI SINH VẬT 48 5.1 Vai trò của giống 48 5.2 Yêu cầu giống vi sinh vật 48 5.3 Kỹ thuật tạo giống dùng trong sản xuất công nghiệp 49 5.3.1 Phân lập giống trong tự nhiên 49 5.3.2 Phân lập giống trong điều kiện sản xuất 51 5.3.3 Phân lập giống trong những ống giống đã thoái hóa 52 5.4 Sản xuất mốc giống trong sản xuất tương 53 5.4.1 Phương pháp sản xuất mốc tương thủ công(dân gian) 53 5.4.2 Phương pháp sản xuất mốc tương công nghiệp 56 5.4.3 Phương pháp làm mốc tương ở các nước khác 58 5.5 Sản xuất mốc giống trong sản xuất chao 60 5.5.1 Theo phương pháp truyền thống: 60 5.5.2 Theo phương pháp công nghiệp: 60 5.6 Sản xuất mốc giống trong công nghệ sản xuất nước chấm 63 Chương 6: ỨNG DỤNG VI SINH VẬT TRONG SẢN XUẤT LÊN MEN TỪ ĐẬU NÀNH 64 6.1 Sản xuất chao 64 6.1.1 Tổng quan về chao 64 6.1.2 Qui trình làm chao Việt Nam. 65 6.1.3. Sản xuất chao theo phương pháp hiện đại 68 6.2 Sản xuất nước chấm 75 6.2.1 Quy trình công nghệ 75 6.2.2 Giải thích quy trình 76 6.3 Sản xuất tương 79 6.3.1 Kỹ thuật sản xuất tương thủ công 79 6.3.2 Kỹ thuật sản xuất tương công nghiệp: 81 6.3.3 Giá trị dinh dưỡng của tương 82 6.4 Miso 83 6.4.1 Rice Miso 86 6.4.2 Barley Miso. 98 Chương 7: CHẤT LƯỢNG VÀ BẢO QUẢN SẢN PHẨM 94 7.1 Các yếu tố ảnh hưởng đến chất lượng các sản phẩm lên men truyền 94 7.2 Tình hình sản xuất hiện nay: 94 7.2.1 Nước tương 94 7.2.2 Tương 95 7.2.3 Chao 96 Chương 8: TIỀM NĂNG VÀ PHƯƠNG HƯỚNG............................................97 8.1 Tiềm năng.....................................................................................................97 8.2 Phương hướng...............................................................................................97 8.2.1 Qui trình công nghệ sản xuất nước tương sạch bằng phương pháp lên men. 98 8.2.2 Qui trình công nghệ sản xuất nước tương bằng phương pháp lên men cải tiến 99 8.2.3 Qui trình công nghệ sản xuất nước tương sạch theo phương pháp kết hợp: 100 Chương 9: KẾT LUẬN 101 TÀI LIỆU THAM KHẢO..................................................................................102 MỤC LỤC BẢNG Bảng 1.1. Niên biểu về một số cống hiến của L.Pastuer về vi sinh vật học 2 Bảng 3.1. Thành phần dinh dưỡng trong 100g hạt đậu nành 36 Bảng 3.2. Thành phần hóa học trong các thành phần của hạt đậu nành 37 Bảng 3.3. Thành phần các acid amin trong protein đậu nành 38 Bảng 3.4. Thành phần carbohydrat trong đậu nành 39 Bảng 3.5. Thành phần vitamin trong đậu nành 39 Bảng 6.1. Thành phần hoá học của chao 65 Bảng 6.2. Thành phần hoá học của tương 83 Bảng 6.3. Thành phần hóa học một số loại tương ở các tỉnh phía Bắc 83 Bảng 6.4. Thành phần hoá học của Miso 84 Bảng 6.5. Thành phẩn hóa học của Kome Ama Miso 88 Bảng 6.6. Thành phẩn hóa học của Kome Kara Miso 89 Bảng 6.7. Thành phẩn hóa học của Hishiho Miso 90 Bảng 6.8. Thành phẩn hóa học của Mugi Miso 92 MỤC LỤC HÌNH Hình 1.1. Hệ thống phân loại 5 giới sinh vật 4 Hình 1.2. Hệ thống phân loại 6 giới sinh vật 4 Hình 1.3. Hệ thống phân loại 8 giới sinh vật 5 Hình 1.4. Hệ thống 3 lĩnh giới (domain) 6 Hình 1.5. Một số loại virus 8 Hình 1.6. Thước ghi kích thước của các dạng 9 Hình1.7. Các vết tích về sự xuất hiện của vi sinh vật 11 Hình 2.1. Sơ đồ phosphryl hóa – oxy hóa 24 Hình 2.2. Sơ đồ Embden – Meyerhof – Parnas 26 Hình 2.3. Sơ đồ nguyên tắc làm việc của chu trình Krebs 27 Hình 4.1. Khuẩn lạc Aspergillus oryzae 45 Hình 4.2. Apergillus oryzae 45 Hình 4.3. Actinomucor elegans 48 Hình 5.1. Sơ đồ làm mốc thông thường 54 Hình 5.2. Sơ đồ làm mốc kiểu Cự Đà 57 Hình 5.3. Sơ đồ chuẩn bị giống cái lên men sử dụng trong quá trình chế biến đậu ở Hàn Quốc và Nhật Bản 60 Hình 5.4. Qui trình sản xuất giống vi sinh vật 63 Hình 6.1. Quy trình sản xuất chao nước 70 Hình 6.2. Actinormucor elegans phát triển trên bánh đậu 75 Hình 6.3. Quy trình sản xuất nước chấm 76 Hình 6.4. Sơ đồ quy trình sản xuất tương bắc. 70 Hình 6.5. Sơ đồ quy trình sản xuất mốc trung gian 82 Hình 6.6. Rice Miso 88 Hình 6.7. Kome Ama 88 Hình 6.8. Quy trình sản xuất Kome ama Miso 89 Hình 6.9. quy trình sản xuất Kome kara Miso 90 Hình 6.10. quy trình sản xuất Hishiho Miso 91 Hình6.11. Mugi Miso 93 Hình 6.12. quy trình sản xuất Mugi Miso 93 Hình 7.1. Độc tố Aflatoxin B1 96 Hình 7.2. Aspergillus flavus 97 Hình 8.2. Quy trình sản xuất nước tương sạch bằng phương pháp lên men 99 Hình 8.2. Quy trình sản xuất nước tương bằng phương pháp lên men cải tiến 100 Chương 1: TỔNG QUAN VỀ VI SINH VẬT NÓI CHUNG 1.1 Sơ lược lịch sử phát triển của vi sinh vật học:[10] Từ cổ xưa, mặc dầu chưa nhận thức được sự tồn tại của vi sinh vật, nhưng loài người đã biết khá nhiều về các tác dụng do vi sinh vật gây nên. Trong sản xuất và trong đời sống, con người đã tích lũy được nhiều kinh nghiệm về các biện pháp lợi dụng các vi sinh vật có ích và phòng tránh các vi sinh vật có hại. Trên những vật giử lại từ thời cổ Hy Lạp, người ta đã thấy minh họa cả quá trình nấu rượu. Những tài liệu khảo cổ chu biết cách đây trên 6000 năm, người dân Ai Cập ở dọc sông Nile đã có tập quán nấu rượu. Ở Trung Quốc rượu đã được sản xuất từ thời đại văn hóa Long Sơn (cách đây trên 4000 năm ) . Việc lên men lactic (muối dưa ) được thực hiện từ những năm 3500 năm trước công nguyên. Muối dưa , làm dấm, làm tương v..v.. đều là những biện pháp hữu hiệu để hoặc sử dụng hoặc khống chế vi sinh vật phục vụ cho việc chế biến và bảo quản thực phẩm. Việc sáng tạo ra các hình thức ủ phân, ngâm phân, ngâm gai, xếp ải, trồng luân canh với cây họ đậu... đều là những biện pháp tài tình mà tổ tiên ta từ lâu đã biết phát huy tác dụng của vi sinh vật trong nông nghiệp. Người có công phát hiện ra thế giới vi sinh vật và cũng là người đầu tiên miêu tả hình thái nhiều loại vi sinh vật là một người Hà Lan, vốn là một người học nghề trong một hiệu buôn vải. Đó là Antonie van Leeuwenhoek (1632 – 1723). Ông đã tự chế ra trên 400 kính hiển vi, trong đó có cái phóng đại được đến 270 lần. Năm 1670 ông nhìn thấy các vi khuẩn và động vật nguyên sinh ông gọi là các “động vật vô cùng nhỏ bé”. Qua đó ông đã miêu tả hình thái và dạng chuyển động của nhiều loại vi sinh vật. Nhiều bài báo của ông đã được công bố trên tạp chí Triết học của học hội hoàng gia Anh và năm 1680 ông được bầu làm thành viên của học hội này Từ thập kỉ 60 của thế kỉ 19 bắt đầu thời kì nghiên cứu về sinh lí học của các vi sinh vật. Người có công lớn trong việc này, người về sau được coi là ông tổ của vi sinh vật học là nhà khoa học người Pháp Louis Pasteur (1822 – 1895). Khó mà tóm tắt được khối lượng các phát hiện đồ sộ mà Luis Pasteur đã cống hiến cho nhân loại. Bảng 1.1: Niên biểu về một số cống hiến của L.Pastuer về vi sinh vật học: Năm  Cống hiến   1854 – 1864  Chứng minh nhiều quá trinh lên men (etilic, lastic, axetic...) là do sinh vật gây nên.   1862  Nhận giải thưởng đặc biệt của viện hàng lâm khoa học Pháp về việc phủ định học thuyết Tự sinh (spontaneous-generation hypotheis).   1863  Chứng minh vi khuẩn là nguồn gốc của bệnh than. Phát hiện ra nguyên nhân của bệnh bào tử trùng ở tằm và đề xuất được các biện pháp phòng tránh.   1865  Phát hiện các phẩy khuẩn gây bệnh.   1877  Phát hiện ra các tụ cầu khuẩn gây bệnh.   1880  Phát hiện ra các liên cầu khuẩn gây bệnh.   1880  Tìm ra vacxin chống bệnh dịch tả gà nhờ sử dụng vi khuẩn đã chuyển sang dạng mất độc lực.   1880  Phát hiện não mô cầu khuẩn ( cùng với Chamberland, Roux và Thuillier).   1880  Tìm ra vacxin chống bệnh than.   1881  Phát hiện tụ huyết khuẩn ở lợn ( cùng với Thuillier).   1883  Nghiên cứu vacxin chống bệnh dại. Ngày 6-7-1885 em bé 9 tuổi Joseph Meister là người đầu tiên được cứu sống nhờ vacxin chống dạ của L.Pastuer.   1880 - 1885  Trở thành viện trưởng đầu tiên của bệnh viện Paster ở Paris (cho đến khi qua đời).   1888  Phát hiện não mô cầu khuẩn ( cùng với Chamberland, Roux và Thuillier).   Tiếp tục phát huy thành tựu của L.Pasteur, nhiều nhà bác học khác đã khám phá ra hầu hết các vi sinh vật gây bệnh và tìm ra phương pháp phân lập thuần khiết vi sinh vật trên các môi trường đặc. Năm 1892 nhà sinh lý học thực vật người Nga D.I.Ivanovskii (1864 – 1920) chứng minh có sự tồn tại của loại vi sinh vật siêu hiển vi gây ra bệnh khảm ở lá thuốc lá. Đến năm 1897 nhà khoa học người Hà Lan M.W. Beijerinck (1851 – 1931) gọi loại vi sinh vật này là virut. Năm 1928 bác sĩ người Anh Alexander Fleming (1881 – 1955) tách được chủng nấm sinh chất kháng sinh penixilin, mở ra một kỉ nguyên mới cho khả năng đẩy lùi nhanh chóng các bệnh nhiễm khuẩn. Khoa học về enzim hình thành và phát triển nhờ hàng loạt các thành công: năm 1987 B. Bertrand phát hiện ra và đặt tên cho nhóm coenzim; A. Harden và Young cô đặc được một nhóm coenzim gọi là cozimaza vào năm 1905; Sorensen chứng minh ảnh hưởng của pH đến hoạt động của enzim vào năm 1912 ... Tính đến năm 1984 người ta đã biết đến 2477 loại enzim khác nhau và enzim đã có mặt trong rất nhiều hoạt động sản xuất và đời sống con người. Các nhà vi sinh vật còn tạo ra bước ngoặt của di truyền học. Các chủng vi sinh vật được tạo ra nhờ thao tác di truyền sẽ có mặt trong đời sống nhân loại ở mọi lĩnh vực khác nhau. 1.2 Vị trí của vi sinh vật trong sinh giới:[10] Vi sinh vật không phải là một nhóm phân loại trong sinh giới mà là bao gồm tất cả các sinh vật có kích thước hiển vi, không thấy rõ được bằng mắt thường, do đó phải sử dụng kính hiển vi thường hoặc kính hiển vi điện tử. Ngoài ra muốn nghiên cứu vi sinh vật người ta phải sử dụng tới phương pháp nuôi cấy vô khuẩn. Từ trước đến nay có rất nhiều hệ thống phân loại sinh vật. Các đơn vị phân loại sinh vật nói chung và vi sinh vật nói riêng đi từ thấp lên cao là  Loài (Species), Chi (Genus), Họ (Family), Bộ (Order), Lớp (Class), Ngành (Phylum), và Giới (Kingdom). Hiện nay trên giới còn có một mức phân loại nữa gọi là lĩnh giới (Domain). Đấy là chưa kể đến các mức phân loại trung gian như Loài phụ (Subspecies), Chi phụ (Subgenus), Họ phụ (Subfamily), Bộ phụ (Suborder),Lớp phụ (Subclass), Ngành phụ (Subphylum). Xưa kia John Ray (1627-1705) và Carl Von Linnaeus (1707-1778) chỉ chia ra 2 giới là Thực vật và Động vật. Năm 1866 E. H. Haeckel (1834-1919) bổ sung thêm giới Nguyên sinh (Protista). Năm 1969 R. H. Whitaker (1921-1981) đề xuất hệ thống phân loại 5 giới : Khởi sinh (Monera), Nguyên sinh (Protista), Nấm (Fungi), Thực vật (Plantae) và Động vật (Animalia). Khởi sinh bao gồm Vi khuẩn (Bacteria) và Vi khuẩn lam (Cyanobacteria). Nguyên sinh bao gồm Động vật nguyên sinh (Protzoa), Tảo (Algae) và các Nấm sợi sống trong nước (Water  molds).  Hình 1.1: Hệ thống phân loại 5 giới sinh vật Gần đây hơn  có hệ thống phân loại 6 giới- như 5 giới trên nhưng thêm giới Cổ vi khuẩn (Archaebacteria), giới Khởi sinh đổi thành giới Vi khuẩn thật (Eubacteria) (P. H. Raven, G. B. Johnson, 2002).  Hình 1.2: Hệ thống phân loại 6 giới sinh vật T. Cavalier-Smith (1993) thì lại đề xuất hệ thống phân loại 8 giới: Vi khuẩn thật (Eubacteria), Cổ vi khuẩn (Archaebacteria), Cổ trùng (Archezoa), Động vật nguyên sinh (Protozoa), Sắc khuẩn (Chromista), Nấm (Fungi), Thực vật (Plantae) và Động vật (Animalia).  Hình 1.3: Hệ thống phân loại 8 giới sinh vật Theo R. Cavalier-Smith thì : Cổ trùng (như Giardia) bao gồm các cơ thể đơn bào nguyên thuỷ có nhân thật, có ribosom 70S, chưa có bộ máy Golgi, chưa có ty thể (mitochondria) chưa có thể diệp lục (Chloroplast), chưa có  peroxisome. Sắc khuẩn bao gồm phần lớn các cơ thể quang hợp chứa thể diệp lục trong các phiến (lumen) của mạng lưới nội chất nhăn (rough endpplasmic reticulum) chứ không phải trong tế bào chất (cytoplasm), chẳng hạn như Tảo silic , Tảo nâu, Cryptomonas, Nấm noãn.   Năm 1980, Carl R. Woese dựa trên những nghiên cứu sinh học phân tử phát hiện thấy Cổ khuẩn có sự sai khác lớn trong trật tự nucleotid ở ARN của ribosom 16S và 18S. Ông đưa ra hệ thống phân loại ba lĩnh giới (Domain) bao gồm Cổ khuẩn (Archae), Vi khuẩn (Bacteria) và Sinh vật nhân thực (Eucarya).  Hình 1.4: Hệ thống 3 lĩnh giới (domain) Cổ khuẩn là nhóm vi sinh vật có nguồn gốc cổ xưa. Chúng bao gồm các nhóm vi khuẩn có thể phát triển được trong các môi trường cực đoan (extra), chẳng hạn như nhóm ưa mặn (Halobacteriales), nhóm ưa nhiệt (Thermococcales, Thermoproteus, Thermoplasmatales), nhóm kỵ khí sinh mêtan (Methanococcales, Methanobacteriales, Methanomicrobiales), nhóm vi khuẩn lưu huỳnh ưa nhiệt (Sulfobales, Desulfurococcales). Monera trong hệ thống 5 giới tương đương với Vi khuẩn và Cổ khuẩn trong hệ thống 8 giới và trong hệ thống 3 lĩnh giới. Nguyên sinh trong hệ thống 5 giới tương đương  với 3 giới Cổ trùng (Archaezoa), Nguyên sinh (Protista-Protozoa) và Sắc khuẩn (Chromista) trong hệ thống 8 giới và tương đương với 5 nhóm sau đây trong hệ thống 3 lĩnh giới (domain): Archaezoa, Euglenozoa, Alveolata, Stramenopila và Rhodophyta. Theo hệ thống 3 lĩnh giới thì : - Archaezoa bao gồm Diplomonad, Trichomonad và Microsporidian. Euglenozoa  ao gồm Euglenoid và Kinetoplastid. - Alveolata  bao gồm Dinoflagellate, Apicomplexan, và Ciliate. Strmenopila bao gồm Tảo silic (Diatoms) , Tảo vàng (Golden algae), Tảo nâu (Brown algae) và Nấm sợi sống trong nước (Water mold) . - Rhodophyta gồm các Tảo đỏ (Red algae). Riêng Tảo lục (Green algae) thì một phần thuộc Nguyên sinh (Protista) một phần thuộc Thực vật (Plantae)   Monera hay 2 lĩnh giới Vi khuẩn và Cổ khuẩn thuộc nhóm Sinh vật nhân sơ (Prokaryote), còn các sinh vật khác đều thuộc nhóm Sinh vật nhân thật (Eukaryote). Kết luận: phần lớn vi sinh vật thuộc về ba nhóm Cổ khuẩn, Vi khuẩn và Nguyên sinh. Trong giới Nấm, thì nấm men (yeast), nấm sợi (filamentous Fungi) và dạng sợi (mycelia) của mọi nấm lớn đều được coi là vi sinh vật. Như vậy là vi sinh vật không có mặt trong hai giới Động vật và Thực vật. Người ta ước tính trong số 1,5 triệu loài sinh vật có khoảng 200000 loài vi sinh vật (100000 loài động vật nguyên sinh và tảo, 90000 loài nấm, 2500 loài vi khuẩn lam và 1500 loài vi khuẩn). Tuy nhiên hàng năm, có thêm hàng nghìn loài sinh vật mới được phát hiện, trong đó có không ít loài vi sinh vật. Virus là một dạng đặc biệt chưa có cấu trúc cơ thể cho nên chưa được kể đến trong số 200000 loài vi sinh vật nói trên. Số virus đã được đặt tên là khoảng 4000 loài.        Poliovirus  Virus cúm gà H5N1  Virus HIV/AIDS   Hình 1.5: Một số loại virus  Trong thực tế, số loài vi sinh vật phải tới hàng triệu loài. Bảo tàng giống chuẩn vi sinh vật (VTCC) thuộc TT Công nghệ Sinh học, ĐHQG Hà Nội hợp tác với các nhà khoa học Nhật bản và dựa trên các kỹ thuật sinh học phân tử đã bước đầu phát hiện được khá nhiều loài vi sinh vật mới được thế giới công nhận. 1.2-Các đặc điểm chung của vi sinh vật :[10] Vi sinh vật có các đặc điểm chung sau đây : 1.2.1)-Kích thước nhỏ bé : Vi sinh vật thường được đo kích thước bằng đơn vị micromet (1mm= 1/1000mm hay 1/1000.000m). virus được đo kích thước đơn vị bằng nanomet (1nn=1/1000.000mm hay 1/1000.000.000m). Kích thước càng bé thì diện tích bề mặt của vi sinh vật trong 1 đơn vị thể tích càng lớn. Chẳng hạn đường kính của 1 cầu khuẩn (Coccus) chỉ có 1mm, nhưng nếu xếp đầy chúng  thành 1 khối lập nhưng có thể lích là 1cm3 thì chúng có diện tích bề mặt rộng tới 6m2  Light microscope : KHV quang học Electron microscope : KHV điện tử Most bacteria: Phần lớn vi khuẩn Hình 1.6: Thước ghi kích thước của các dạng.   1.2.2)-Hấp thu nhiều, chuyển hoá nhanh : Tuy vi sinh vật có kích thước rất nhỏ bé nhưng chúng lại có năng lực hấp thu và chuyển hoá vượt xa các sinh vật khác. Chẳng hạn 1 vi khuẩn lắctic (Lactobacillus)  trong 1 giờ có thể phân giải được một lượng đường lactose lớn hơn 100-10 000 lần so với khối lượng của chúng. tốc độ tổng hợp protein của nấm men cao gấp 1000 lần so với đậu tương và gấp 100 000 lần so với trâu bò.   1.2.3) Sinh trưởng nhanh, phát triển mạnh : Chẳng hạn, 1 trực khuẩn đại tràng (Escherichia coli ) trong các điều kiện thích hợp chỉ sau 12-20 phút lại phân cắt một lần. Nếu lấy thời gian thế hệ là 20 phút thì mỗi giờ phân cắt 3 làn, sau 24 giờ phân cắt 72 lần và tạo ra 4 722 366 500 000 000 000 000 000 tế bào (4 722 366. 1017), tương đương với 1 khối lượng ... 4722 tấn. Tất nhiên trong tự nhiên không có được các điều kiện tối ưu như vậy ( vì thiếu thức ăn, thiếu oxy, dư thừa các sản phẩm trao đổi chất có hại...). Trong nòi lên men với các điều kiện nuôi cấy thích hợp từ 1 tế bào có thể tạo ra sau 24 giờ khoảng 100 000 000- 1 000 000 000 tế bào. Thời gian thế hệ của nấm men dài hơn, ví dụ với men rượu (Saccharomyces cerevisiae) là 120 phút. Với nhiều vi sinh vật khác còn dài hơn nữa, ví dụ với tảo Tiểu cầu ( Chlorella ) là 7 giờ, với vi khuẩn lam Nostoc  là 23 giờ...Có thể nói không có sinh vật nào có tốc độ sinh sôi nảy nở nhanh như vi sinh vật.  1.2.4) Có năng lực thích ứng mạnh và dễ dàng phát sinh biến dị : Trong quá trình tiến hoá lâu dài vi sinh vật đã tạo cho mình những cơ chế điều hoà trao đổi chất để thích ứng được với những điều kiện sống rất khác nhau, kể cả những điều kiện hết sức bất lợi mà