Đề tài Tìm hiểu và thực tập qui trình định danh vi khuẩn Staphylococcus Aureus, Heamophilus Influnenae và Klebsiall Peneumoniae trên bệnh phẩm đàm tại bệnh viện nhân dân Gia Định

BỘ CÔNG THƯƠNG TRƯỜNG ĐẠI HỌC CÔNG NGHIỆP THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ THỰC PHẨM BÁO CÁO THỰC TẬP TỐT NGHIỆP ĐỀ TÀI: TÌM HIỂU VÀ THỰC TẬP QUI TRÌNH ĐỊNH ĐANH VI KHUẨN STAPHYLOCOCCUS AUREUS, HEAMOPHILUS INFLUNENAE VÀ KLEBSIALL PENEUMONIAE TRÊN BỆNH PHẨM ĐÀM TẠI BỆNH VIỆN NHÂN DÂN GIA ĐỊNH CBHD: Ths.BS. NGUYỄN SỬ ÁNH TUYẾT KS. NGUYỄN THÙY TRANG GVHD: Th.S LƯU HUYỀN TRANG SVTT: 1. DƯƠNG NGỌC THẢO - 10066551 2. NGUYỄN THỊ THÙY 3. PHẠM TRỌNG 4. PHAN HÙNG VƯƠNG 5. NGUYỄN NGỌC YẾN – 10271641 Lớp: CDSH12 Niên khóa: 2010 – 2013 Tp. Hồ Chí Minh, tháng 5 năm 2013 Trang 2 LỜI CẢM ƠN Để hoàn thành khóa thực tập tốt nghiệp và bài báo cáo thực tập này. Bên cạnh sự nổ lực của bản thân đã vận dụng những kiến thức thu thập ở trường, tìm tòi học hỏi cũng như thu thập những thông tin số liệu liên quan đến đề tài, nhóm chúng em đã nhận được sự quan tâm cũng như hướng dẩn tận tâm của Quý Thầy Cô , Cán Bộ và các Anh ( Chị ) tại bệnh viện, cùng với những lời động viên và khích lệ từ phí gia đình và bạn bè trong lúc em gặp khó khăn. Chúng em xin được gởi lời cảm ơn đến Quý Thầy Cô Ban Giám Hiệu trường Đại Học Công Nghiệp Thành Phố Hồ Chí Minh, Quý Thầy Cô Viện Công Nghệ Sinh Học và Thực Phẩm đã tận tình dạy dỗ, trang bị cho chúng em những kiến thức, những kinh nghiệm quí báo, để chúng em có được kiến thức thực hành trong thực tiển và vận dụng trong cuộc sống. Chúng em xin cảm ơn chân thành đến Ths.BS Nguyễn Sử Ánh Tuyết và KS Nguyễn Thùy Trang đã tạo điều kiện tốt nhất cho chúng em thực tập và tận tình giúp đỡ, hướng dẩn trong suốt quá trình thực tập khoa vi sinh của bệnh viện. Chúng em xin gởi lời cảm ơn Th.S Lưu Huyền Trang , Cô đã tận tình hướng dẩn, cung cấp kiến thức và giúp đỡ nhóm chúng em để hoàn thành bài báo cáo thực tập này. Chúng em cũng xin cảm ơn các Anh (chị) tại Bệnh Viện Nhân Dân Gia Định đã chỉ dạy, quan tâm và giúp đỡ chúng em trong quá trình thực tập tại Bệnh Viện. Đồng thời chúng em xin cảm ơn đến gia đình và tập thể lớp CDSH12 trường Đại Học Công Nghiệp Thành Phố Hồ Chí Minh đã động viên, giúp đỡ trong những năm học vừa qua và trong quá trình thực tập. Nhóm chúng em xin chân thành cảm! T.p Hồ Chí Minh tháng 5 năm 2013 Trang 3 NHẬN XÉT CỦA CÁN BỘ HƯỚNG DẪN Báo cáo thực tập tại Bệnh Viện Nhân Dân Gia Định CBHD: Ths.BS Nguyễn Sử Ánh Tuyết KS Nguyễn Thùy Trang Nhận xét: ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ T.p Hồ Chí Minh, ngày…..tháng…. năm 2013 Cán bộ hướng dẫn: Trang 4 NHẬN XÉT CỦA GIẢNG VIÊN HƯỚNG DẪN Báo cáo thực tập tại Bệnh Viện Nhân Dân Gia Định GVHD: Th.S Lưu Huyền Trang Nhận xét: ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ ................................................................................................................................................................ T.p Hồ Chí Minh, ngày….tháng….năm 2013 Giảng viên hướng dẫn: Trang 5 MỤC LỤC 1. GIỚI THIỆU .......................................................................................................................... 7 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ ....................................................................................................................... 7 1.2 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU .............................................................................................. 8 1.3 MỤC ĐÍCH, NHIỆM VỤ ..................................................................................................... 8 1.4 PHẠM VI ĐỀ TÀI ................................................................................................................ 9 2. TỔNG QUAN ........................................................................................................................ 9 2.1. GIỚI THIỆU VỀ BỆNH VIỆN NHÂN DÂN GIA ĐỊNH ................................................. 9 2.1.1. Lịch sử hình thành và phát triển ........................................................................................... 9 2.1.2. Cơ cấu tổ chức. .................................................................................................................... 11 2.2. KHOA VI SINH .................................................................................................................. 13 2.2.1. Giới thiệu khoa .................................................................................................................... 13 2.2.2. Chức năng và nhiệm vụ....................................................................................................... 13 2.2.3. Thành tích đạt được ............................................................................................................. 14 2.2.4. Hướng phát triển trong tương lai ........................................................................................ 15 2.3. CƠ SỞ LÝ THUYẾT VỀ CÁC PHƯƠNG PHÁP ĐỊNH DANH VI KHUẨN GÂY BỆNH 15 2.3.1. Phương pháp cấy mẫu bệnh phẩm ...................................................................................... 15 2.3.2. Phương pháp nhuộm Gram ................................................................................................. 15 2.3.3. Phương pháp định danh sinh hóa........................................................................................ 16 2.3.4. Phương pháp làm kháng sinh đồ với kỹ thuật KIRBY ..................................................... 25 Trang 6 2.3.5. Chuẩn bị môi trường. .......................................................................................................... 25 2.4. ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU ............................................................................................ 27 2.4.1. Haemophilus influenzae ...................................................................................................... 27 2.4.2. Vi khuẩn Klebsiella pneumoniae........................................................................................ 37 a. Đặc điểm phân loại .............................................................................................................. 37 2.4.3. STAPHYLOCOCCUS AUREUS ......................................................................................... 40 3. NỘI DUNG THỰC TẬP .................................................................................................... 49 3.1. DỤNG CỤ VÀ THIẾT BỊ .................................................................................................. 49 3.1.1. Dụng cụ ................................................................................................................................ 49 3.2. PHƯƠNG PHÁP LẤY MẪU BỆNH PHẨM ................................................................... 50 3.2.1. Chỉ định ................................................................................................................................ 50 3.2.2. Thời điểm lấy mẫu............................................................................................................... 51 3.2.3. Cách lấy mẫu đàm ............................................................................................................... 51 3.3. ĐÁNH GIÁ MẪU BỆNH PHẨM ĐÀM ........................................................................... 52 3.3.1. Khảo sát đại thể mẫu đàm ................................................................................................... 52 3.3.2. Khảo sát vi thể ..................................................................................................................... 53 3.4. TIẾN HÀNH ĐỊNH DANH CÁC VI KHUẨN ................................................................ 53 3.4.1. Quy trình định danh H. influenzae. .................................................................................... 53 3.4.2. giải thích quy trình .............................................................................................................. 54 3.4.3. Phương pháp định danh Klebsiella pneumoniae ............................................................... 56 MỤC LỤC BẢNG+HÌNH Trang 7 MỤC LỤC CÁC CHỬ VIẾT TẮT(NẾU CÓ) 1. GIỚI THIỆU 1.1 ĐẶT VẤN ĐỀ Nhiễm khuẩn đường hô hấp không chỉ là gánh nặng bệnh tật mà còn là bệnh lý có tỷ lệ tử vong đứng đầu trong số 10 bệnh lý nhiễm trùng ở các nước có thu nhập thấp Yếu tố rất quyết định để góp phần chống đở được gánh nặng này là vấn đề tìm ra tác nhân đích gây bệnh và tìm ra loại kháng sinh phù hợp trong điều trị kinh nghiệm khi đứng trước một bệnh nhân nhiễm khuẩn hô hấp. Chính vì vậy sự hiểu biết về các tác nhân thường gặp gây nhiễm khuẩn hô hấp cũng như các thách thức phải quan tâm hiện nay trong đề kháng các kháng sinh của các vi khuần này là những vấn đề gì. Các bệnh lý nhiễm khuẩn hô hấp cấp bao gồm viêm xoang , viêm tai giữa , viêm amydale là các bệnh lý viêm nhiễm khuẩn cấp đường hô hấp trên, và viêm phổi, viêm phế quản – phổi là các bệnh lý viêm nhiễm khuẩn đường hô hấp dưới. Tác nhân vi khuẩn thường gặp gây các bệnh lý nhiễm khuẩn hô hấp cấp là Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae và Moraxella catarrhalis. Riêng đối với bệnh lý viêm amydale thì mặc dù tác nhân siêu vi được xem là nguyên nhân của gần 50% các trường hợp, nhưng Streptococcus pyogenes là tác nhân vi khuẩn hàng đầu phải được các nhà lâm sàng nghĩ đến. Ngoài các tác nhân vi khuẩn trên thì các tác nhân vi khuẩn không điển hình như Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia pneumoniae và Legionella pneumophila cũng là những tác nhân vi khẩn cần phải được quan tâm. Đó là vấn đề chung trong tình hình bệnh hô hấp hiện nay.Vì vậy quy trình tìm khuẩn gây bệnh đường hô hấp là rất quan trọng trước hết là lấy bệnh phẩm rồi đánh giá có tồn tại sự có mặt của khuẩn hay không. Theo xét nghiệm thường quy thì bệnh phẩm có liên quan đến bệnh đường hô hấp nhiều nhất được lấy từ mẫu đàm. Vì trong bệnh phẩm đàm có chứa rất nhiều vi khuẩn liên quan đến bệnh lý theo khảo sát tại nhiều bệnh viện trong nước. Trang 8 Đàm tươi thường chứa nhiều lao khuẩn ẩn trú dịch phế quản và vùng họng. vì vậy đánh giá mẫu đàm là đánh giá khá chính xác nguyên căn bệnh về đường hô hấp.các vi khuẩn thường chứa trong mẫu đàm gồm Staphylococci,Streptococci,Haemophilus influenza ,Klebsiella pneumoniae, M. catarrhalis và bacillus Koch…Sự có mặt của các vi khuẩn này theo khảo sát có ảnh hưởng quan trọng đến bệnh lý đường hô hấp. Vi khuẩn là tác nhân gây nhiễm khuẩn hô hấp phổ biến nhất. Vi khuẩn hiếu khí chiếm ít nhất 73% và nấm chiếm 4% các vi sinh vật phân lập được từ đàm và dịch hút phế quản ở bệnh nhân Vi khuẩn thường là nhiễm khuẩn đa tác nhân và trực khuẩn Gram âm là các thường gặp. Tuy nhiên, MRSA và các cầu khuẩn Gram dương khác kể cả phế cầu (Streptococcus pneumoniae) ngày càng xuất hiện phổ biến. Tại các bệnh viện thì các chủng Pseudomonas aeruginosa, Enterobacter sp., Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Serratia marcescens và Proteus sp. chiếm 50% các tác nhân phân lập được từ bệnh phẩm đường hô hấp.Trong đó Escherichia coli (29,7%), Klebsiella spp. (26%), Pseudomonas aeruginosa (13,7%), Staphylococcus aureus (6%), Acinetobacter spp. (5%), Haemophilus influenza,(tháng 8/2008, khoa vi sinh bệnh viện nhân dân Gia Định). Trong tất cả các tác nhân gây bệnh kể trên thì ba tác nhân: Staphylococcus aureus, Haemophilus influenza,Klebsiella pneumoniaelà những vi khuẩn thường có mặt trong mẫu bệnh đàm đáng được quan tâm. Chính vì lẽ đó, nhóm chúng tôi đã thực hiện quá trình tìm hiểu..., quy trình định danh và phương pháp thực hiện kháng sinh đồ đối với ba loại vi khuẩn này. 1.2 ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU Là những mẫu bệnh phẩm đàm của các bệnh nhân từ khoa lâm sàng gửi tới khoa vi sinh tại bệnh viên nhân dân Gia định có chỉ định cấy vi khuẩn, định danh và làm kháng sinh đồ. 1.3 MỤC ĐÍCH, NHIỆM VỤ  Mục đích Trang 9 Tìm hiểu, theo dõi và thực hành thao tác phân lập và định danh,kháng sinh đồ với các chủng Staphylococcus aureus, Haemophilus influenza, Klebsiella pneumoniae phân lập từ mẫu bệnh phẩm đàm.  Nhiệm vụ Hiểu được nguyên lý, nắm vững các thao tác về lấy mẫu bệnh phẫm, các thao tác trong quy trình định danh, làm kháng sinh đồ với chủng Staphylococcus aureus, Haemophilus influenza, Klebsiella pneumoniae trong mẫu bệnh phẩm đàm. 1.4 PHẠM VI ĐỀ TÀI Đề tài được thực hiện trên tất cả các bệnh phẩm đàm thu nhận được tại khoa vi sinh bệnh viện nhân dân Gia định. Các thao tác, quy trình định danh vi khuẩn dùng để báo cáo là những thao tác, quy trình đang được áp dụng tại bệnh viện Nhân Dân Gia Định.  Thời gian Từ 1/03/2013 đến 31/05/2013  Địa điểm Khoa Vi sinh Bệnh viên nhân dân Gia Định Số 01 Nơ Trang Long, Phường 7, Quận Bình Thạnh, Thành Phố Hồ Chí Minh 2. TỔNG QUAN 2.1. GIỚI THIỆU VỀ BỆNH VIỆN NHÂN DÂN GIA ĐỊNH Vị trí địa lý: Số 01 Nơ Trang Long, Phường 7, Quận Bình Thạnh, Thành Phố Hồ Chí Minh 2.1.1. Lịch sử hình thành và phát triển Trang 10 Bệnh viện Nhân Dân Gia Định sơ khai do người Pháp xây dựng với bảng hiệu là Hospital de Gia Định, trong những thập niên đầu của thế kỷ XX. -Năm 1945, Hôpital de Gia Định được đổi tên thành bệnh viện Nguyễn Văn Học. - Đến năm 1968 bệnh viện được phá đi và xây dựng mới với mô hình 4 tầng để tiếp nhận điều trị khoảng 450 đến 500 bệnh nhân nội trú và đổi tên thành Trung tâm thực tập y khoa Gia Định. - Từ sau năm 1975, bệnh viện Nguyễn Văn Học được đổi tên thành bệnh viện Nhân Dân Gia Định - Đến năm 1996, bệnh viện được phân hạng là bệnh viện loại I (quyết định số 4630/QĐ-UB-NC) với nhiệm vụ khám chữa bệnh và là cơ sở thực hành của trường Đại học Y – Dược TP. Hồ Chí Minh. - Từ bệnh viện ban đầu được xây dựng với quy mô cho 450 đến 500 bệnh nhân nội trú và khoảng 1.000 lượt người đến khám chữa bệnh ngoại trú, hiện nay số lượng người đến khám chữa bệnh ngoại trú trung bình khoảng 3.000 lượt/ngày và bệnh nhân điều trị nội trú trên 1.000 bệnh Trang 11 nhân/ngày. Trước tình hình qúa tải trầm trọng cả khu vực nội trú và ngoại trú, bệnh viện đã được xây dựng mới khu khám bệnh – cấp cứu 4 tầng với tổng diện tích 10.100 m2, đã đưa vào sử dụng vào tháng 7/2007. - Hiện tại, Bệnh viện Nhân Dân Gia Định là bệnh viện đa khoa loại 1 trực thuộc Sở Y tế TP. Hồ Chí Minh với quy mô 1.200 giường, khám chữa bệnh cho nhân dân sinh sống trên địa bàn TP. Hồ Chí Minh (các quận trong tuyến: Bình Thạnh, Gò Vấp, Phú Nhuận, một phần Quận I và các quận ngoài tuyến: Thủ Đức, Quận 2, 12, 9 . . ), ngoài ra bệnh viện còn tiếp nhận bệnh nhân đến từ các tỉnh thành lân cận như Đồng Nai, Bình Dương, Vũng Tàu và một số tỉnh miền Trung. Bệnh viện có đủ các chuyên khoa lớn, với nhiều phân khoa sâu, bệnh viện được trang bị khá đầy đủ trang thiết bị y tế nhằm nâng cao chất lượng chẩn đoán, điều trị và chăm sóc bệnh nhân, đáp ứng được nhu cầu khám chữa bệnh ngày càng cao của nhân dân. - Bệnh viện còn là cơ sở thực hành của 2 trường Đại học Y Dược Tp. Hồ Chí Minh và Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch. Trung bình mỗi năm bệnh viện tiếp nhận khoảng 1500 học viên đến thực tập thuộc hệ trung học, hệ đại học và sau đại học. 2.1.2. Cơ cấu tổ chức. Ban giám đốc:  Phòng chức năng Trang 12  Phòng chỉ đạo tuyến  Phòng hành chính quản trị  Phòng kế hoạch tổng hợp  Phòng điều dưỡng  Phòng tài chính kế toán  Phòng vật tư – thiết bị  Phòng cán bộ  Khoa lâm sàng:  Khối nội:  Nội tiêu hóa  Hồi sức tích cực – chống độc  Khoa lão học  Khoa nội hô hấp – cơ xương khớp  Khoa nội tiết – thận – niệu  Khoa nội thần kinh – huyết học – y học cổ truyền  Khoa nội tim mạch  Khối ngoại:  Khoa phẩu thuật – gây mê – hồi sức  Khoa chấn thương chỉnh hình  Khoa tổng hợp  Khoa ngoại thần kinh  Khoa ngoại tiêu hóa  Khoa ngoại thận – tiết niệu  Khoa ngoại lồng ngực – mạch máu  Khối sản:  Khoa sản bệnh  Khoa sản phụ  Khoa sản trường  Khoa sanh  Khoa bệnh lý sơ sinh  Khoa nhi  Chuyên khoa:  Khoa tai mũi họng  Khoa răng hàm mặt  Khoa mắt  Các khoa khác:  Khoa cấp cứu  Khoa khám bệnh  Khoa cận lâm sàng:  Khoa dược  Khoa dinh dưỡng  Khoa sinh hóa huyết học  Khoa vi sinh  Khoa chuẩn đoán hình ảnh  Khoa nội soi - thăm dò chức năng  Khoa giải phẩu bệnh lý  Khoa