Luận án Một số đặc điểm ngoại hình, tập tính và di truyền của chó Vện

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ LÊ CÔNG TRIỀU MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM NGOẠI HÌNH, TẬP TÍNH VÀ DI TRUYỀN CỦA CHÓ VỆN LUẬN ÁN TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH CHĂN NUÔI MÃ SỐ: 62 62 01 05 2024 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC CẦN THƠ LÊ CÔNG TRIỀU MÃ SỐ NSC: P0416003 MỘT SỐ ĐẶC ĐIỂM NGOẠI HÌNH, TẬP TÍNH VÀ DI TRUYỀN CỦA CHÓ VỆN LUẬN ÁN TIẾN SĨ CHUYÊN NGÀNH CHĂN NUÔI MÃ SỐ 62 62 01 05 NGƯỜI HƯỚNG DẪN PGS. TS. ĐỖ VÕ ANH KHOA 2024 CHẤP THUẬN CỦA HỘI ĐỒNG Luận án này với tựa đề là “Một số đặc điểm ngoại hình, tập tính và di truyền của chó Vện”, do nghiên cứu sinh Lê Công Triều thực hiện theo sự hướng dẫn của PGS.TS. Đỗ Võ Anh Khoa. Luận án đã báo cáo và được Hội đồng đánh giá luận án tiến sĩ thông qua ngày: ./. /2024. Luận án đã được chỉnh sửa theo góp ý và được Hội đồng đánh giá luận án xem lại. Thư ký Ủy viên Ủy viên Phản biện 3 Phản biện 2 Phản biện 1 Người hướng dẫn Chủ tịch Hội đồng PGS.TS. Đỗ Võ Anh Khoa i LỜI CẢM ƠN Con luôn khắc ghi công ơn sinh thành dưỡng dục của cha mẹ! Trước tiên, em xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Đỗ Võ Anh Khoa đã tận tình giúp đỡ, hướng dẫn và truyền thụ những kiến thức, kinh nghiệm chuyên môn quý báu trong suốt quá trình học tập và nghiên cứu. Thầy là người có sức ảnh hưởng rất lớn đến tư duy và phong cách của tôi trong học tập và công việc. Xin chân thành cảm ơn PGS.TS. Nguyễn Thị Kim Khang đã luôn quan tâm, giúp đỡ và tạo điều kiện cho tôi trong quá trình học tập và nghiên cứu tại Khoa Chăn nuôi. Chân thành ghi nhớ công ơn của quý Thầy Cô Khoa Chăn nuôi, Trường Nông nghiệp, Trường Đại học Cần Thơ đã truyền dạy những kiến thức cho tôi qua các môn học, các buổi sinh hoạt, cũng như đã tạo điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt thời gian học tập tại trường. Tôi xin cảm ơn Ban Giám hiệu và quý đồng nghiệp Trường Cao đẳng Nghề Sóc Trăng đã tạo điều kiện và bố trí thời gian cho tôi được học tập. Cảm ơn vợ tôi cùng các thành viên trong gia đình đã luôn lo lắng, giúp đỡ, chia sẽ, động viên và đã tạo mọi điều kiện thuận lợi cho tôi trong suốt thời gian qua. Tôi xin cảm ơn ThS. Lâm Thanh Bình, ThS. Nguyễn Như Tấn Phước đã luôn giúp đỡ và chia sẻ những khó khăn trong quá trình thực hiện các thí nghiệm. Một lần nữa xin chân thành cảm ơn! NCS Lê Công Triều ii TÓM LƯỢC Nghiên cứu này được thực hiện nhằm xác định một số đặc điểm ngoại hình, tập tính, khả năng sinh sản và di truyền của chó Vện, hỗ trợ cho công tác bảo tồn và phát triển đàn chó bản địa (i) đặc điểm ngoại hình và tập tính được thu thập bằng phương pháp quan sát, ghi hình, đo lường trực tiếp và/hoặc sử dụng camera hồng ngoại; (ii) tính đa dạng di truyền của quần thể được xác định thông qua được đánh giá và phân tích dựa trên trình tự DNA vùng HV1 (hypervariable region 1) của D-loop hệ gen ty thể. Kết quả nghiên cứu về một số đặc điểm ngoại hình cho thấy chó Vện có khối lượng ở các giai đoạn sơ sinh, 1, 6 và 12 tháng tuổi lần lượt là 265,7; 864,9; 8.411,4 và 13.327,8g. Từ 6 tháng đến 12 tháng tuổi, các chiều đo như dài đuôi, dài chân trước, dài chân sau và cao thân, có sự tăng trưởng không đáng kể. Ở con đực, đa số các chiều đo có kích thước lớn hơn so với kích thước của con cái mặc dù sự chênh lệch này không có ý nghĩa thống kê (P>0,05). Ở tất cả các thời điểm khảo sát, khối lượng và các số đo trên cơ thể của chó đực và cái đều tương quan với nhau nhưng độ tuổi của chó càng lớn thì các hệ số tương quan càng giảm. Kết quả ghi nhận về một số tập tính của chó Vện chỉ ra rằng (i) chó Vện cái có số lần phối giống là 2,77 lần trong một kỳ động dục. Thời gian phối giống có xu hướng giảm đi ở lần phối tiếp theo, cụ thể lần 1 kéo dài 10,5 phút, lần 2 còn 9,5 phút, lần 3 là 9,39 phút và lần thứ 4 chỉ còn 8,36 phút; (ii) Chó Vện con từ 2 đến 4 tuần tuổi giảm số lần ngủ trong ngày từ 18 xuống còn 14, tương ứng với thời gian ngủ cũng giảm dần từ 875 phút còn 623 phút/ngày; (iii) Số lần chó con bú trong tuần đầu tiên sau sinh là là 22 lần/24h, mỗi lần kéo dài 1,17 phút. Chó con càng lớn thì thời gian cho bú càng kéo dài, ở 4 tuần tuổi thời gian 1 lần bú của chó con là 5,38 phút. Về sự đa hình di truyền của chó Vện được đánh giá và phân tích dựa trên (i) trình tự DNA vùng HV1 (hypervariable region 1) của D-loop hệ gen ty thể. Kết quả bước đầu đã xác định được 14 haplotype khác nhau thuộc 3 haplogroup phổ biến (A, B, C), trong đó có một haplotype mới chưa từng được công bố trong các nghiên cứu trước đây (Cn- chiếm tỉ lệ 4,67% trong quần thể khảo sát). Haplotype C2 chiếm tỉ lệ cao nhất (19,06%), các haplotype còn lại chiếm tỉ lệ khá thấp. Các chỉ số di truyền cơ bản như đa dạng haplotype Hd=0,943 và đa dạng nucleotide Pi=0,01524 cho thấy quần thể chó Vện khảo sát có mức đa dạng di truyền khá cao. Ngoài ra (ii) hai đa hình di truyền mới trên gen HTR1D cũng được tìm thấy lại vị trí nucleotide 781 và 782 (GenBank NM_001003280.1) trên quần thể chó Vện. Từ khóa: chó Vện, ngoại hình, tập tính, đa dạng di truyền. iii ABSTRACT This study was conducted to determine some physical characteristics, behavior, fertility and genetics of the Ven dog, supporting the conservation and development of native dog herds (i) appearance characteristics and behavior are observed and recored by using direct measurement and/or infrared cameras; (ii) The genetic diversity of the population was determined through evaluation and analysis based on the DNA sequence of the HV1 region (hypervariable region 1) of the D-loop of the mitochondrial genome. Research results on some physical characteristics show that the Ven dog's weight at the newborn, 1-, 6- and 12-month-old was 265.7, 864.9, 8,411.4 and 13,327.8g, respectively. From 6 months to 12 months of age, lenghs of tail, legs as well as body height, have negligible growth. In males, most of the dimensions are larger than those of females, although no statistically significant difference was found (P>0.05). At all time points of observation, the mass and body measurements of male and female dogs were correlated, but it is lower in aging. Results recorded on some behaviors of Ven dogs show that (i) Ven females have 2.77 mating times during one estrus period. The following mating time tends to be shorter than the previous ones, for example the first, second, third and fourth mates prolonged 10.5, 9.5, 9.39 and 8.36 mimutes per time; (ii) Puppies from 2 to 4 weeks old have the sleeping times per day gradually decreased from 18 to 14, corresponding to reduction of sleep time was from 875 minutes to 623 minutes/day; (iii) The suckling numbers of a puppy at the first week after birth is 22 times/24 hours lasting 1.17 minutes for one time. The suckling time was longer by aging and reached 5.38 minutes at 4 weeks old. The genetic variation of Ven dogs was evaluated and analyzed based on (i) The DNA sequence of HV1 region (hypervariable region 1) of the D-loop of the mitochondrial genome. Initial results have identified 14 different haplotypes belonging to 3 common haplogroups (A, B, C), including a new haplotype that has never been published in previous studies (Cn - accounts for 4, 67% in the survey population). Haplotype C2 accounts for the highest proportion (19.06%), the remaining haplotypes account for quite low proportions. Basic genetic indicators such as haplotype diversity Hd=0.943 and nucleotide diversity Pi=0.01524 show that the surveyed Ven dog population has a fairly high level of genetic diversity. In addition, (ii) two new genetic polymorphisms on the HTR1D gene were also found at nucleotide positions 781 and 782 (GenBank NM_001003280.1) in the Ven dog population. Keywords: Ven dog, appearance, behavior, genetic variation. iv MỤC LỤC LỜI CẢM ƠN .............................................................................................................................. i TÓM LƯỢC .............................................................................................................................. iii ABSTRACT .............................................................................................................................. iv LỜI CAM ĐOAN ....................................................................................................................... v MỤC LỤC ................................................................................................................................. vi DANH SÁCH BẢNG ................................................................................................................ ix DANH SÁCH HÌNH ................................................................................................................. xi DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT .............................................................................................. xii CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU ........................................................................................................ 1 1.1 Tính cấp thiết của đề tài ........................................................................................................ 1 1.2 Mục tiêu của luận án ............................................................................................................. 2 1.2.1 Mục tiêu cụ thể .................................................................................................................. 2 1.2.2 Mục tiêu lâu dài ................................................................................................................. 2 1.3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn .............................................................................................. 2 1.4 Những đóng góp mới của luận án cho khoa học, sản xuất ................................................... 3 1.5 Nội dung của luận án ............................................................................................................ 3 CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU .................................................................................... 4 2.1. Tổng quan về một số giống chó bản địa ở Việt Nam .......................................................... 4 2.1.1. Chó H’Mông cộc đuôi ...................................................................................................... 4 2.1.2. Chó Bắc Hà ...................................................................................................................... 4 2.1.3. Chó Phú Quốc .................................................................................................................. 5 2.1.4. Chó Vện ............................................................................................................................ 5 2.2. Đặc điểm ngoại hình, tập tính, sinh trưởng, sinh sản và sinh lý máu của chó .................... 6 2.2.1. Đặc điểm về ngoại hình của chó ...................................................................................... 6 2.2.1.1. Chiều đo cơ thể của chó ở các thời điểm ...................................................................... 6 2.2.1.2. Mối tương quan giữa các chiều đo cơ thể của chó ....................................................... 7 2.2.2. Đặc điểm về tập tính, sinh trưởng và sinh sản của chó .................................................... 7 2.2.2.1. Tập tính .......................................................................................................................... 7 2.2.2.2. Sinh trưởng .................................................................................................................... 8 2.2.2.3 Sinh sản .......................................................................................................................... 8 2.2.3. Đặc điểm về sinh lý máu của chó ..................................................................................... 8 2.2.3.1. Số lượng hồng cầu và các chỉ số liên quan ................................................................... 8 vi 2.2.3.2. Số lượng và công thức bạch cầu.................................................................................... 9 2.2.3.3. Số lượng tiểu cầu và các chỉ số liên quan ..................................................................... 9 2.3. Đa dạng di truyền ở chó..................................................................................................... 10 2.3.1. Microsatellite .................................................................................................................. 10 2.3.2. D-loop ............................................................................................................................. 11 2.3.3. Đặc điểm phân tử của một số gen liên quan đến tập tính của chó ................................. 12 2.2.3.1 Gen Dopamine receptor (DRD4) ................................................................................. 12 2.3.3.2 Gen Tyrosine hydroxylase (TH) ................................................................................... 13 2.3.3.3 Gen 5-Hydroxytryptamine Receptor 1D (HTR1D) ....................................................... 14 2.4. Tình hình nghiên cứu trong và ngoài nước........................................................................ 15 2.4.1. Tình hình nghiên cứu trong nước ................................................................................... 15 2.4.2. Tình hình nghiên cứu ngoài nước................................................................................ 20 CHƯƠNG 3: PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...................................................................... 25 3.1 Phương tiện ......................................................................................................................... 25 3.1.1. Thời gian và địa điểm ..................................................................................................... 25 3.1.3. Dụng cụ, thiết bị và hóa chất .......................................................................................... 26 3.1.3.1 Chuồng trại ................................................................................................................... 26 3.1.3.2 Dụng cụ ........................................................................................................................ 26 3.1.3.3 Thiết bị .......................................................................................................................... 27 3.1.3.4 Hoá chất ....................................................................................................................... 27 3.2 Nội dung ............................................................................................................................. 28 3.2.1. Nội dung 1: Đánh giá đặc điểm ngoại hình, tập tính, sinh trưởng, sinh sản và đặc điểm sinh lý máu của chó Vện ........................................................................................................... 28 3.2.2 Nội dung 2: Đánh giá đa dạng di truyền của chó Vện .................................................... 29 3.2.2.1 Phân tích quan hệ di truyền bằng công cụ microsatellite ............................................ 29 3.2.2.2 Phân tích quan hệ di truyền vùng D-Loop ................................................................... 29 3.2.2.3 Đa hình di truyền gen HTR1D ...................................................................................... 29 3.3. Phương pháp ...................................................................................................................... 29 3.3.1. Đặc điểm ngoại hình ...................................................................................................... 29 3.3.2. Tập tính của chó Vện ...................................................................................................... 30 3.3.3. Sinh trưởng và sinh sản của chó Vện ............................................................................. 31 3.3.4. Xác định đặc điểm về sinh lý máu của chó ..................................................................... 32 3.3.5. Đa hình di truyền microsatellite ..................................................................................... 32 vii 3.3.6. Đa hình di truyền D-loop................................................................................................ 33 3.3.7. Đa hình gen HTR1D ....................................................................................................... 35 3.4. Xử lý số liệu ...................................................................................................................... 35 3.4.1. Đặc điểm ngoại hình ...................................................................................................... 35 3.4.2. Đặc điểm về tập tính, sinh trưởng và sinh sản ............................................................... 35 3.4.3. Đặc điểm sinh lý máu ..................................................................................................... 36 3.4.5. Đa hình di truyền microsatellite ..................................................................................... 36 3.4.6. Đa hình di truyền D-loop................................................................................................ 36 3.4.7. Đa hình gen HTR1D ....................................................................................................... 36 CHƯƠNG 4: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ........................................................................... 37 4.1. Đặc điểm ngoại hình, tập tính, sinh trưởng, sinh sản và sinh lý máu của chó Vện ........... 37 4.1.1. Các chiều đo của chó Vện .............................................................................................. 37 4.1.1.1. Kích thước các chiều đo ............................................................................................................ 37 4.1.1.2. Mối tương quan giữa các chiều đo ............................................................................................ 38 4.1.2. Đặc điểm về tập tính ....................................................................................................... 46 4.1.2.1 Tập tính sinh dục của chó mẹ ..................................................................................................... 46 4.1.2.2 Tập tính của chó con .................................................................................................................. 47 4.1.3. Đặc điểm sinh sản và sinh trưởng .................................................................................. 50 4.1.4. Đặc điểm về sinh lý máu ................................................................................................. 51 4.1.4.1. Số lượng hồng cầu và các chỉ số liên quan ............................................................................... 52 4.1.4.2. Số lượng và công thức bạch cầu ............................................................................................... 53 4.1.4.3. Số lượng tiểu cầu và các chỉ số liên quan ................................................................................. 54 4.1.4.4. Mối tương quan giữa các chỉ số huyết học ............................................................................... 54 4.2. Đa dạng di truyền ở chó Vện ............................................................................................. 58 4.2.1. Đa hình di truyền microsatellite ..................................................................................... 58 4.2.2. Đa hình di truyền D-loop................................................................................................ 62 4.2.3. Đa hình gen HTR1D ....................................................................................................... 69 CHƯƠNG 5: KẾT LUẬN ........................................................................................................ 79 5.1 Kết luận .............................................................................................................................. 79 5.2. Đề nghị .............................................................................................................................. 80 TÀI LIỆU THAM KHẢO ........................................................................................................ 81 PHỤ LỤC ................................................................................................................................. 97 viii DANH SÁCH BẢNG Trang Bảng 3.1: Một số thiết bị chính sử dụng trong nghiên cứu 27 Bảng 3.2: Hóa chất và thiết bị phân tích thành phần hóa học của thức ăn 27 Bảng 3.3: Thành phần một số hóa chất dùng trong phân tích sinh học phân tử 28 Bảng 3.4: Trình tự mồi và điều kiện phản ứng PCR khuếch đại Microsatellite 33 Bảng 4.1: Một số chiều đo cơ thể của chó Vện ở các thời điểm 37 Bảng 4.2: Một số chiều đo cơ thể của chó Vện theo giới tính ở các thời điểm 40 Bảng 4.3: Hệ số tương quan giữa các chiều đo cơ thể của chó Vện theo giới tính ở thời điểm sơ sinh 41 Bảng 4.4: Hệ số tương quan giữa các chiều đo cơ thể của chó Vện theo giới tính ở thời điểm 1 tháng tuổi 43 Bảng 4.5: Hệ số tương quan giữa các chiều đo cơ thể của chó Vện theo giới tính ở thời điểm 6 tháng tuổi 44 Bảng 4.6: Hệ số tương quan giữa các chiều đo cơ thể của chó Vện theo giới tính ở thời điểm 12 tháng tuổi 45 Bảng 4.7: Số lần phối và tần suất phối của chó Vện 46 Bảng 4.8: Tổng thời gian phối giống của chó Vện 46 Bảng 4.9: Thời gian ngủ của chó Vện con 47 Bảng 4.10: Thời gian bú của chó Vện con 48 Bảng 4.11: Thời điểm mở mắt, biết sủa của chó Vện con 49 Bảng 4.12: Khả năng thành thục, sinh trưởng và sinh sản của chó Vện 50 Bảng 4.13: Chỉ số hồng cầu của chó theo tháng tuổi 52 Bảng 4.14: Chỉ số bạch cầu của chó theo tháng tuổi 53 Bảng 4.15: Chỉ số tiểu cầu của chó theo thời điểm tuổi 54 Bảng 4.16: Hệ số tương quan giữa các chỉ tiêu huyết học của chó từ 1 đến 6 tháng tuổi 56 Bảng 4.17: Hệ số tương quan giữa các chỉ tiêu huyết học của chó 12 tháng tuổi 57 Bảng 4.18: Số lượng các alen trong mỗi locus microsatellite ở 3 quần thề chó 59 Bảng 4.19: Tần số alen microsatellite ở 3 quần thể chó nghiên cứu 60 Bảng 4.20: Tần số Ho, He, Fis, PIC của các microsatellite trên chó Vện 61 Bảng 4.21: Mức tương đồng di truyền giữa các quần thể chó 62 Bảng 4.22: Các vị trí đa hình trong đoạn trình tự 582 bp vùng HV1 63 Bảng 4.23: Các haplotype được xác định trên 21 cá thể chó Vện 64 Bảng 4.24: Tỷ lệ phân bố haplotype trên các haplgroup và các chỉ số đa dạng di truyền cơ bản 66 ix Bảng 4.25: Chỉ số đa dạng haplotype, đa dạng nucleotide và số nucleotide khác biệt trung bình ở một số quần thể chó nhà tại Việt Nam và trên thế giới 67 Bảng 4.26: Các codon giả định do đột biến tạo nên 74 Bảng 4.27: Các vị trí đột biến đã được nhận diện vùng exon HTR1D trên bản đồ gen 77 x DANH SÁCH HÌNH Trang Hình 2.1: Vị trí của gen HTR1D trên nhiễm sắc thể 2 14 Hình 2.2: Cây phả hệ xây dựng từ trình tự gen vùng D-loop của chó Phú Quốc và các trình tự gen tương đồng tham chiếu trên ngân hàng gen 17 Hình 2.3: Trình tự vùng D-loop gen ty thể chó Phú Quốc (C1, C2 và C3) so sánh với các trình tự gen tham chiếu Genbank 18 Hình 2.4: Hệ gen ty thể của họ chó (Canis lupus familiaris) 24 Hình 3.1: Thu mua chó Vện thế hệ xuất phát và thu thập mẫu máu các giống chó để phục vụ cho các nội dung nghiên cứu 25 Hình 3.2: Chó Vện 26 Hình 3.3: Chó Poodle 26 Hình 3.4: Chó Berger 26 Hình 3.5: Mô tả một số chiều đo trên chó 30 Hình 3.6: Một số màu lông cơ bản của chó Vện (trên) và đặc điểm của chó Vện xoáy (dưới) 34 Hình 4.1: Khuếch đại DNA của 7 microsatellite ở chó Vện (bên phải gel agarose 2% và bên trái polyacrylamide 10%) 58 Hình 4.2: Cây phát sinh loài được xây dựng bằng phần mềm UPGMA dựa trên sự tương đồng về di truyền giữa 3 quần thể chó (Vện, Berger và Poodle). 62 Hình 4.3: Mạng lưới haplotype (median – joining network) 65 Hình 4.4: Mẫu đại diện đoạn gen HTR1D dài 1.196bp được khuếch đại thành công 69 Hình 4.5: Tín hiệu mẫu giải trình tự đoạn gen HTR1D 69 Hình 4.6: Kết quả so sánh đánh giá tương đồng của đoạn gen HTR1D được giải trình tự chứa đa hình ở chó Vện (tên mẫu) bằng công cụ BLAST 70 Hình 4.7: Kết quả so sánh đoạn gen được giải trình tự chứa đa hình (vị trí in đậm, màu trắng, tô đen) ở chó Vện với gen HTR1D GenBank (NM001003280.1) 71 Hình 4.8: Mẫu đại diện đa hình gen tại vị trí 781 và 782 72 Hình 4.9: Chuỗi nucleotide mã hóa protein HTR1D 73 Hình 4.10: Đa hình di truyền gen HTR1D trên nhiễm sắc thể 2 75 Hình 4.11: Mô phỏng điểm khác biệt giữa đoạn gen được giải trình tự chứa đa hình ở chó Vện với cơ sở dữ liệu GenBank 77 Hình 4.12: Cây di truyền về mối quan hệ di truyền giữa chó Vện (lcl|Query_ 102179) với các loài chó khác 78 xi DANH SÁCH CHỮ VIẾT TẮT Chữ viết tắt Chữ viết đầy đủ µl Microliter ARN Acid ribonucleic (RNA) ASIP Agouti signal peptide Bp Base pair (cặp ba-zờ ni tơ) cDNA Complementary Deoxyribonucleic acid (DNA bổ sung) ĐBSCL Đồng bằng sông Cửu Long DNA Deoxyribonucleic acid (ADN) He Expected Heterozygosity (Tần số dị hợp tử mong đợi) Ho Observed Heterozygosity (Tần số dị hợp tử quan sát) HTR1D Hydroxytryptamine Receptor 1D mRNA messenger RNA (ARN thông tin) MS Microsatellite NST Nhiễm sắc thể xii CHƯƠNG 1: GIỚI THIỆU 1.1 Tính cấp thiết của đề tài Các giống vật nuôi là một bộ phận quan trọng của đa dạng sinh học. Nó là tài sản quý giá hiện đang phát huy ý nghĩa kinh tế như là giống thuần thích nghi với điều kiện sinh thái địa phương đồng thời còn là nguyên liệu phục vụ cho công tác lai tạo giống cho hiện tại và tương lai. Không riêng các loài dã thú bị uy hiếp nghiêm trọng do môi trường sống bị thu hẹp và do sự săn bắt của con người, các giống vật nuôi dưới tác động của thiên nhiên và áp lực của kinh tế thị trường cũng đang bị mất dần (Lê Viết Ly, 1999). Nước ta có tập quán nuôi chó thả rông nên sự giao phối giữa các giống thường mang tính ngẫu nhiên. Kết quả là tạo ra nhiều thế hệ con lai có kiểu hình không đặc trưng, làm mất đi những đặc điểm thuần của giống ban đầu. Song song đó thì những đặc tính quý cũng như các kiểu hình đặc trưng của chó bản địa cũng dần mất đi. Về tên gọi thì người dân thường dựa vào màu sắc của bộ lông để gọi tên như chó mực (nhóm chó có sắc lông màu đen), chó vàng (nhóm chó có sắc lông vàng), chó vá (nhóm chó có lông đen vá trắng hoặc lông trắng vá đen), chó Vện (nhóm chó có lông vằn vện như hổ). Trong đó, chó Vện được xem như là loài vật nuôi có nhiều đặc điểm quý hiếm cần được bảo tồn như màu lông đặc trưng rất được ưa chuộng, khả năng săn mồi tốt, giữ nhà và bảo vệ tài sản, bơi giỏi, dễ nuôi và thích nghi tốt với điều kiện địa phương (Phạm Sỹ Lăng, 2006). Chó Vện có nhiều đặc tính rất quý nên được tỉnh Cà Mau quan tâm và đưa vào danh mục bảo tồn (Đỗ Võ Anh Khoa và Chung Hữu Nghị, 2018). Microsatellite đã được sử dụng rộng rãi trong kiểm tra huyết thống ở nhiều giống (Koskinen and Bredback, 2000), lập bản đồ gen (Mellersh et al., 2000), phân tích mối quan hệ họ hàng nhằm mục đích chọn giống chó ở nhiều quốc gia (DeNise et al., 2004; Eichmann et al., 2004; Gentilini et al., 2004; Oishi et al., 2005). Halverson and Edwards (2000) đã tiến hành kiểm tra huyết thống dưới sự bảo trợ của tổ chức di Di truyền Động vật Quốc tế. Kỹ thuật microsatellite cũng đã được Cho (2005) sử dụng để đánh giá sự đa dạng di truyền của 183 cá thể chó bản địa Hàn Quốc. Gen 5-Hydroxytryptamine Receptor 1D (HTR1D) ở chó Vện gồm 2.835 cặp nucleotide, mã hóa cho protein gồm 377 axít amin. Gene này đã được chứng minh có liên quan đến đặc tính hung hăng (bao gồm các hành vi phức tạp và mang tính liên tục) ở một số giống chó. Ở một nghiên cứu khác, Våge (2010) đã tìm thấy một SNP khác nghĩa A/G tại vị trí 79091985 bp có tác động tiềm ẩn đối với chức năng của protein HTR1D và hai SNP khác có liên quan chặt chẽ đến tính hung hăng ở chó. Ngoài ra, tính hung hăng còn do tác động của yếu tố môi trường. Vì vậy, gene HTR1D cần được nghiên cứu thêm để có thể giải thích rõ hơn về tính hung hăng và tự vệ ở chó, đặc biệt là chó nhà (trong đó có chó Vện, một nhóm chó có những đặc tính quý như giữ nhà khôn, săn mồi giỏi, luôn gắn bó với đời sống bình dị của người dân Nam Bộ hàng thập kỷ qua). 1 Đến nay chưa có nhiều nghiên cứu và các nghiên cứu cũng chưa thể hiện đầy đủ về tất các đặc điểm của chó Vện – một quần thể tương đối nhỏ và có nguy cơ bị mất đi nguồn gen quý trong tương lai. Vì vậy, việc nghiên cứu “Một số đặc điểm ngoại hình, tập tính và di truyền của chó Vện” là thực sự cần thiết. 1.2 Mục tiêu của luận án 1.2.1 Mục tiêu cụ thể (i) Xác định được một số đặc điểm ngoại hình, chiều đo và khối lượng của chó Vện; (ii) Ghi nhận được một số tập tính của chó ở thế hệ xuất phát và thế hệ 1 ở chó Vện; (iii) Ghi nhận được một số đặc điểm sinh sản, sinh trưởng và sinh lý máu ở chó Vện; (iv) Nhận diện và phân tích được đa hình di truyền microsatellite và D-loop ở chó Vện; (v) Nhận diện và phân tích được đa hình di truyền gen HTR1D liên quan đến tính hung hăng ở chó. 1.2.2 Mục tiêu lâu dài Xác định được một số đặc điểm ngoại hình, tập tính và di truyền của Chó Vện, nhằm hỗ trợ công tác bảo tồn và phát triển nguồn gen chó Vện nói riêng và chó bản địa nói chung. 1.3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn Ý nghĩa khoa học Đóng góp thông tin khoa học có giá trị về đặc điểm giống, trọng tâm là đặc điểm một số ngoại hình, năng suất, tập tính và đa dạng di truyền của chó Vện; Làm cơ sở cho các nghiên cứu khác về chó Vện nói riêng và loài chó nói chung; Là nguồn tài liệu tham khảo cho người học và nghiên cứu về con chó, đặc biệt là có liên quan đến lĩnh vực di truyền phân tử và bảo tồn nguồn gen. Ý nghĩa thực tiễn Kết quả nghiên cứu có giá trị lớn đối với công tác đào tạo các bậc học, chọn lọc và huấn luyện chó nghiệp vụ, cũng như nhân, khai thác và bảo tồn những đặc tính quý của chó Vện. 2 1.4 Những đóng góp mới của luận án cho khoa học, sản xuất Đây là công trình nghiên cứu đầy đủ và hệ thống đầu tiên được công bố ở nước ta ghi nhận được đặc điểm sinh học, khả năng sinh trưởng và sinh sản của chó Vện, xác lập được một số tập tính của chó Vện. Xác định được 14 haplotype thuộc 3 haplgroup khác nhau (A, B, C), trong đó có 1 haplotype mới (Cn) lần đầu tiên được công bố. Nhận diện được 2 đa hình di truyền mới trên gen HTR1D có liên quan đến tính hung hăng trên quần thể chó Vện. 1.5 Nội dung của luận án Nội dung 1. Đánh giá đặc điểm ngoại hình, tập tính, sinh trưởng, sinh sản và sinh lý máu của chó Vện. Nội dung 2. Đánh giá đa dạng di truyền của chó Vện. 3 CHƯƠNG 2: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 2.1. Tổng quan về một số giống chó bản địa ở Việt Nam Chó nhà Canis lupus familiaris thuộc bộ ăn thịt Canidae, bộ ăn thịt Carnivora, lớp phụ thú nhau Placentalia, lớp thú Mamamalia. Nghiên cứu cơ bản về họ chó Canidae ở Việt Nam cho thấy có 5 loài, gồm: Sói lửa (Cuon alpines), cáo (Vulpes vulpes), lửng chó (Nyctereutes procyonoides), chó rừng (Canis aureus) và một loài chó nhà (Lê Vũ Khôi, 2003). 2.1.1. Chó H’Mông cộc đuôi Chó H’Mông cộc đuôi xuất hiện nhiều ở vùng núi cao của các tỉnh miền núi phía bắc, nơi tập trung nhiều đồng bào H’Mông sinh sống. Đây là giống chó được người dân chọn và sử dụng nhiều trong cuộc sống hằng ngày như lên nương, trông nhà, bảo vệ gia súc và săn bắn (Bùi Xuân Phương và ctv., 2013). Giống chó này đã được công nhận giống cấp quốc gia theo quyết định số 02/20/9/2009 của VKA Việt Nam (Hiệp hội chó giống Việt Nam), tiêu chuẩn giống số 002 (Nguyễn Tiến Tùng và ctv., 2015). Chó H’Mông thường có tầm vóc lớn, chiều cao 55-60 cm, nặng 18-20 kg (Phạm Ngọc Thạch, 2010), tuổi thành thục tính 251,4 ngày, thời gian động dục 15,31 ngày, thời gian mang thai 59,95 ngày, số con sinh ra/ổ 4,41 con, số con sơ sinh sống/ổ 4,22 con, số con cai sữa 4,01 con, khối lượng sơ sinh/con 0,31 kg, khối lượng cai sữa/con là 3,37 kg. Trong thời kỳ động dục, thân nhiệt của chó cái giống H’Mông cộc đuôi tăng từ những ngày đầu tiên của thời gian động dục và đạt cao nhất vào ngày thứ 13-14, sau đó thân nhiệt giảm dần và đạt trạng thái sinh lý vào ngày thứ 20 (Nguyễn Tiến Tùng và ctv., 2015). Thêm vào đó, lứa đẻ có ảnh hưởng đến số con sơ sinh sống/ổ, khối lượng sơ sinh/con và số con cai sữa/ổ nhưng mùa vụ không ảnh hưởng đến khả năng sinh sản của giống chó H’Mông cộc đuôi (Nguyễn Tiến Tùng và ctv., 2015). Tại Việt Nam, theo kết quả nghiên cứu của Trung tâm nhiệt đới Việt Nga trong giai đoạn 2006-2010 đã xác định được 13 dạng chó khác nhau (Bùi Xuân Phương và ctv., 2010). Các giống chó có vai trò khác nhau tùy thuộc vào mục đích sử dụng của con người, với kết quả huấn luyện ban đầu cho thấy giống chó H’Mông cộc đuôi là một trong những giống chó bản địa Việt Nam có thể sử dụng làm chó nghiệp vụ (Trần Hữu Côi và ctv., 2011). 2.1.2. Chó Bắc Hà Chó Bắc Hà là một trong những giống đặc hữu của tỉnh Lào Cai có nhiều đặc tính tốt để có thể huấn luyện làm chó nghiệp vụ. Chó Bắc Hà được biết đến như một giống chó quý cổ xưa của Việt Nam, chúng được người dân tộc ở vùng núi Tây Bắc (huyện Bắc Hà tỉnh Lào Cai) nuôi sử dụng trong việc hỗ trợ săn bắt và bảo vệ, trông nhà. Với đặc điểm hình dáng kích thước trung bình, bộ lông xù đặc trưng giúp chúng thích nghi với thời tiết giá lạnh vùng núi cao Tây Bắc. Phần lông ở cổ và đuôi tạo thành bờm to rất đẹp, với đặc điểm này nhìn chúng rất uy nghi và bệ vệ cộng với tính cách trầm tĩnh, độc 4 lập, ý thức lãnh thổ cao và trung thành nên chúng được nuôi để bảo vệ và trông nhà rất tốt (Hiệp hội chó giống Việt Nam). Chó Bắc Hà có lượng hồng cầu là 7,8166 triệu/mm3, lượng bạch cầu là 10,993 nghìn/mm3, hàm lượng hemoglobin là 16,347% (số lượng hồng cầu của chó đực là 7,967 triệu/mm3 và của chó cái là 7,660 triệu/mm3). Chó Bắc Hà có hoạt độ enzym GOT là 62,51U/L, hoạt độ enzym GPT là 34,66 U/L (Nguyễn Văn Bộ và ctv., 2015). 2.1.3. Chó Phú Quốc Chó Phú Quốc (hay chó lưng xoáy Phú Quốc) là một trong những nòi chó quý của Việt Nam, sở hữu nhiều đặc tính quý như thông minh, trung thành, sức khỏe tốt, giỏi nuôi con, thân thiện với con người. Dù đã được người dân trên đảo Phú Quốc nuôi từ lâu nhưng chúng vẫn còn giữ nhiều nét hoang dã của một loài chó săn mồi (Thái Kế Quân và ctv., 2016; Trần Hoàng Dũng và ctv., 2016; Nguyễn Văn Biện và ctv., 2014). Cùng với khả năng nhảy cao, giữ thăng bằng tốt và bơi lội giỏi, chó lưng xoáy Phú Quốc không chỉ được nuôi để canh giữ nhà mà còn được huấn luyện để đi săn cũng như gắn liền với mọi sinh hoạt đời thường của người dân trên đảo (Thái Kế Quân và ctv., 2016). Ngoại hình tổng quát của chó Phú Quốc là thân thon gọn, có lông ngắn, đuôi cong và có xoáy trên lưng. Màu lông rất đa dạng với 5 màu chính: đen, vàng, nâu, vện và xám. Chó Phú Quốc có tầm vóc trung bình, con đực nặng khoảng 15,96 kg, con cái nặng khoảng 14,23 kg; chiều cao trung bình khoảng 60-65 cm (Nguyễn Văn Biện và ctv., 2014; Phạm Ngọc Thạch., 2010). Tuy nhiên, cho đến hiện nay, nguồn gốc tiến hóa của nòi chó này vẫn chưa được xác định rõ ràng. Nhiều ý kiến cho rằng chó lưng xoáy Phú Quốc có nguồn gốc từ chó lưng xoáy Thái Lan bởi sự tương đồng về các đặc điểm ngoại hình (Thái Kế Quân và ctv., 2016). Khi phân tích phát sinh chủng loài cho thấy, chó Phú Quốc có quan hệ rất gần gũi với chó có nguồn gốc từ khu vực Đông Á (Trung Quốc, Nhật Bản và Hàn Quốc) (Trần Hoàng Dũng và ctv., 2016). 2.1.4. Chó Vện Chó Vện (lông vằn vện như hổ) được xem như là loài vật nuôi có nhiều đặc điểm quý hiếm cần được bảo tồn. Nhóm chó Vện hiện lâu đời do những người thợ săn mang về, không rõ nguồn gốc để phục vụ cho nhu cầu săn bắt rồi thuần dưỡng thành chó nhà. Đặc điểm của chó Vện là nhóm chó nhỏ con, đuôi ngắn, lông mượt, ngắn và vằn vện, khối lượng trưởng thành khoảng 12 kg, chân có màng như chân vịt. Giống chó này rất tinh, thính, khả năng săn mồi tốt, giữ nhà và bảo vệ tài sản giỏi, chúng biết đào hang, bơi dưới nước rất giỏi, dễ nuôi, đã thích nghi tốt với điều kiện địa phương. Tuy nhiên đến nay chưa có một nghiên cứu nào về cách thức chăm sóc nuôi dưỡng, đặc điểm sinh học, đặc điểm di truyền và có nguy cơ bị mất nguồn gen quí do số lượng quần thể nhỏ (Lê Văn Thọ, 2009). 5 2.2. Đặc điểm ngoại hình, tập tính, sinh trưởng, sinh sản và sinh lý máu của chó 2.2.1. Đặc điểm về ngoại hình của chó 2.2.1.1. Chiều đo cơ thể của chó ở các thời điểm Hiện nay, có khoảng 350 đến 400 giống chó khác nhau được thế giới công nhận và phân loại thành 10 nhóm theo chức năng và nguồn gốc. Mỗi giống chó được đặc trưng bởi một số đặc điểm dễ nhận ra thuộc phạm vi hình thái và hành vi (Vilà and Leonard, 2006; Boyko, 2011). Các giống chó thể hiện sự khác biệt về hình thái bao gồm kích thước và tỷ lệ cơ thể, kích thước và hình dạng đầu, màu sắc và hình thái lông, và các đặc điểm ngoại hình khác (Shearin and Ostrander, 2010). Độ dài trung bình của đuôi chó Phú Quốc có xoáy hoặc không xoáy là 26,48 cm trong nghiên cứu Nguyễn Văn Biện và ctv., (2014). Cũng trên giống chó này thì Quan et al., (2019) đã chỉ ra rằng độ dài đuôi là 30 cm đối với chó đực và 26,85 cm đối với chó cái. Chiều cao thân là một trong những tiêu chuẩn quan trọng để định rõ kiểu hình của một giống chó vì nó ít phụ thuộc vào điều kiện dinh dưỡng (Frynta et al., 2012) Kết quả nghiên cứu đã công bố của Quan et al. (2019) trên giống chó Phú Quốc (45,9 cm) và nghiên cứu của Yaemkong et al. (2019) trên giống chó Bangkaew (47,7 cm) trong khi chiều cao thân củ giống chó Tarsus Çatalburun, một giống chó săn có tầm vóc trung bình của Thổ Nhĩ Kỳ là 50,78 cm (Yoldaş et al., 2014). Vòng ngực của chó trong nghiên cứu trên giống chó bản địa dạng sói, con đực có vòng ngực 60,02 cm, lớn hơn so với số đo vòng ngực 59,23 cm ở con cái (Ngô Quang Đức, 2019); hay báo cáo của Quan et al. (2019), số đo trung bình vòng ngực ở chó Phú Quốc đực là 56,4 cm, lớn hơn so với số đo của chó cái (54,4 cm). Trong khi chó Tarsus Çatalburun, có kích thước vòng ngực là 64,75 cm (Yoldaş et al., 2014). Tuy nhiên, đối với vòng bụng trong nghiên cứu của Quan et al. (2019), đối với chó Phú Quốc, con cái có số đo vòng bụng lớn hơn so với chó đực (49,5 so với 45,6 cm). Theo Quan et al. (2019) thì chiều dài mõm chó đực Phú Quốc là 10,2 cm và con cái là 10,3 cm. Độ dài trung bình của đuôi chó Phú Quốc cái (26,85 cm) và đực (30,0 cm). Chiều cao thân là một trong những tiêu chuẩn quan trọng để định rõ kiểu hình của một giống chó vì nó ít phụ thuộc vào điều kiện dinh dưỡng (Frynta et al., 2012) Trong nghiên cứu của Quan et al. (2019) chiều cao thân trung bình trên giống chó Phú Quốc (45,9 cm) và của Yaemkong et al. (2019) chiều cao thân trung bình của chó Bangkaew (47,7 cm). Trong khi trên giống chó Tarsus Çatalburun, một giống chó săn có tầm vóc trung bình của Thổ Nhĩ Kỳ có chiều cao thân là 50,78 cm (Yoldaş et al., 2014). 6